Résumé

Depuis son émergence en décembre 2019 jusqu’à la fin de la quatrième vague pandémique en octobre 2021, la circulation du SARS-CoV-2 a été associée à des évolutions moléculaires significatives du virus. Ces évolutions ont été la conséquence de mutations qui ont entraîné l’apparition de lignages présentant des avantages réplicatifs, tant par augmentation de leur transmissibilité que du fait d’un échappement partiel à la réponse immunitaire progressivement croissante. Le contexte pandémique, avec des bouffées épidémiques massives observées dans des zones de forte densité de population, a incontestablement créé des conditions favorables à l’apparition de ces « variants ». Durant ces vingt mois, au moins trois périodes évolutives peuvent être identifiées, conduisant à la situation observée en octobre 2021. C’est la première fois qu’un effort sans précédent est fait pour surveiller les virus circulant à l’échelle planétaire de manière transparente et avec un partage de données rapide. Cette surveillance moléculaire a permis la description précise des virus circulant et de leur évolution. Les outils et moyens déployés pour faire l’épidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2 reflètent incontestablement une montée en puissance de la capacité d’analyse à l’échelle planétaire, et peuvent nous permettre d’être mieux préparés pour le prochain épisode pandémique.