pharmacologie inverse l.f.
Pharmacologie de développement récent, qui résulte de l'isolement dans le génome de gènes identifiés par homologie avec d'autres gènes ou à la suite de séquençages industriels sans sélection préalable.
Ces gènes exprimés dans les cellules pouvant les rendre sensibles à l'action de certaines substances, on en déduit qu'ils codent pour des enzymes ou des récepteurs actifs pharmacologiquement.
Cette pharmacologie suit donc une démarche qui va du gène à la fonction, alors que la pharmacologie moléculaire traditionnelle procédait de la fonction à la protéine puis au gène : elle recherchait une protéine douée d'activité biologique dite pharmacologique, en se fondant sur l'effet de substances sur certaines cellules. Le biochimiste isolait la protéine et, par synthèse d'oligonucléotides basés sur la séquence, localisait le gène correspondant.
La pharmacologie inverse a ainsi identifié de nombreux sous-types de récepteurs, par ex. de la sérotonine (14 sous-types au lieu de 3 ou 4 attendus de la pharmacologie classique) ou de la dopamine (7 au lieu des 2 connus), etc.
photorestauration n.f.
photorestoration, photoreactivation
Chez certaines Bactéries, système de réparation de l'ADN dans lequel un dimère de thymine est éliminé par exposition à la lumière visible, et la séquence originelle restaurée.
Chez Escherichia coli, cette restauration est l'œuvre d'un enzyme : l'ADN-photolyase.
polyA n.m.
polyA
Séquence polyadénylique formée de 200 ou 250 nucléotides qui sont attachés à l'extrémité 3' des ARN messagers ; cette « queue » joue un rôle dans le passage de l'ARNm du noyau au cytoplasme.
Étym. gr. polus : nombreux
polyadénylation n.f.
polyadenylation
Modification post-transcriptionnelle de nombreux ARNm eucaryotes consistant en l'addition d'une séquence poly A à une extrémité de la molécule.
Cette nouvelle extrémité est appelée queue poly A, l'autre extrémité formant la coiffe.
polyglutamine n.m.
polyglutamine
Séquence d’acides aminés formée de la répétition de glutamine.
La présence de séquences polyglutamine dans une protéine est due à une variété de mutation causant la répétition de codons CAG qui codent l’acide aminé glutamine. Ce type de mutation est responsable de plusieurs maladies neurodégénératives.
polymorphisme mononucléotidique l.m.
single nucleotide polymorphism (SNP)
Variation d’une seule base de la séquence nucléotidique du même locus entre des individus d’une population.
Dans la plupart des cas, il y a deux alternatives (A ou C en position X du génome). Cependant, un nombre croissant de cas avec plusieurs alternatives apparaissent dans les bases de données (A, C, T en position X du génome).
Syn. snp
[Q1]
Édit. 2017
polypeptide analogue au glucagon l.m.
glucagon related peptide, glucagon like peptide
Chacun des deux polypeptides dont la séquence codante est voisine de celle du glucagon, et dont la synthèse dans les cellules bêta des îlots du pancréas est ainsi couplée à celle de l'hormone.
Sigle : GLP-1 et -2
polytraumatisé n.m.
- les unes sont superficielles, parfois profondes, quelquefois minimes, et sont en rapport avec l'impact ;
- les autres sont internes, inapparentes, mais elles peuvent être cause d'hémorragies graves et de lésions viscérales.
Ce risque latent ou patent d'évolution fatale ne doit pas être méconnu.
Les lésions internes résultent de l'effet nocif des accélérations ou décélérations lors d'un choc, elles peuvent intéresser toutes les parties du corps.
Des syndromes voisins par écrasement ou par onde de choc (blast) comportent aussi des lésions internes inapparentes.
Il est difficile de faire un bilan anatomique complet de toutes les lésions (crâne, encéphale et moelle, face, thorax, abdomen, appareil locomoteur). Un examen clinique soigneux est nécessaire (conscience, respiration, circulation, douleur) pour détecter le début d'un collapsus, d'un état de choc et prévoir l'évolution possible vers une détresse vitale. Le blessé a toujours été victime d'un accident (notion de variation de vitesse et de choc brutal), il réagit vite à l'hémorragie et à l'attrition des tissus. Si l'on n'enraye pas rapidement la séquence des processus pathologiques, un syndrome d'insuffisance cardiocirculatoire avec hypoxie tissulaire évolue vers une défaillance multiviscérale. La connaissance des circonstances de l'accident apporte de précieuses informations (direction et importance des accélérations ou décélérations subies, nature de l'impact). qui orientent l'exploration topographique.
La médicalisation des secours par des équipes spécialisées en urgence préhospitalière, l'organisation des services d'accueil (SMUR) et des services de chirurgie (spécialisée en traumatologie si possible), ont permis une amélioration spectaculaire du pronostic vital et fonctionnel grâce à une prise en compte globale par une équipe efficace, connaissant la hiérarchie des gestes d'urgence.
M. Arnaud, neurochirurgien français, membre de l'Académie de médecine (1961)
Étym. gr. polus : multiple ; trauma : blessure
→ accélération, défaillance multiviscérale, polyfracturé, tachytraumatisme
pondération n.f.
1) En IRM, caractéristique des contrastes obtenus pour une séquence donnée d'imagerie
1) En IRM, caractéristique des contrastes obtenus pour une séquence donnée d'imagerie.
Ex. pondération en T1, en T2, en densité protononique…
2) En biostatistique, attribution à chacun des éléments servant à élaborer une moyenne ou un indice ou un score, d’un coefficient qui exprime son importance relative.
Par ex. dans la prédiction d’une lithiase de la voie biliaire principale au cours d’une cholécystectomie, le score de Huguier a permis grâce à une analyse multifactorielle utilisant la régression logistique d’attribuer à chaque variable un facteur de pondération et de calculer un score prédictif de lithiase de la VBP.
M. Huguier, chirurgien frnçais, membre de l’Académie de médecine (1991)
[B2, E1]
Édit. 2020
pondéré adj.
weighted
En IRM, type de contraste obtenu pour une séquence donnée d'imagerie.
Ex. Sur une image pondérée en T1 l’eau apparaît noire et la graisse blanche, tandis que sur une image pondérée en T2, l’eau est blanche.
[B2,B3]
Édit. 2018
prions (maladies familiales à) l.f.p.
human familial prion diseases
Affections rares mais d'un grand intérêt du fait de leur double transmissibilité.
Réunissant la maladie de Creutzfeldt-Jakob familiale (CJ familiale), la maladie de Gerstmann-Straüssler-Scheinker (GSS) et l'insomnie familiale fatale (IFF), elles partagent avec les formes sporadiques, maladie de CJ et kuru, les mêmes caractéristiques cliniques, histologiques et évolutives.
Il s'agit de maladies héréditaires de l'adulte à transmission autosomique dominante, à pénétrance presque complète. Le plus souvent, une mutation ponctuelle du gène de la protéine prion (PrP), avec effet pathogène sur les neurones, est responsable d'une modification de la séquence primaire de la PrP, donc de sa conformation. L'acquisition d'une nouvelle fonction ou bien la perte d'une fonction encore inconnue sont discutées.
Seules, certaines de ces mutations pathogènes sont transmissibles, dans des conditions qui restent à préciser.
H. G. Creutzfeld, neurologue et psychiatre allemand (1885-1964) ; A. M. Jakob, neurologue allemand (1884-1931) ; J. Gerstmann, E. Straüssler, I. M. Scheinker, neurologues autrichiens (1936)
→ prion, prions (maladies à), Creutzfeldt-Jakob (maladie de), insomnie familiale fatale, Gerstmann-Straüssler-Scheinker (syndrome de), PRNP gene, kuru, PrP
[D1,H1]
Édit. 2018
procalcitonine n.f.
procalcitonin.
Protéine précurseur de la calcitonine, synthétisée dans les conditions physiologiques par les cellules parafolliculaires de la glande thyroïde. En cas d’infection bactérienne systémique, elle peut toutefois être secrétée par presque toutes les cellules de l’organisme
Elle contient du côté NH2-terminal deux séquences peptidiques, dites C1 et C2, et du côté C-terminal une autre séquence dite PDN 21. Ces peptides sont détachés lors de la maturation de l'hormone et sécrétés avec elle. Le peptide PDN 21 a d'ailleurs une activité analogue à celle de la calcitonine.
Le dosage de la procalcitonine (PCT) dans le sérum, effectué par électro-chimioluminescence, est utilisé comme marqueur de sepsis. L’augmentation de PCT sérique est, en effet, pratiquement spécifique des infections bactériennes sévères. Chez le sujet normal, la concentration sérique de PCT est inférieure à 0,5 µg/L Dans les infections bactériennes systémiques, la concentration de PCT sérique augmente rapidement (2-3h) et atteint un niveau d’autant plus élevé que l’agression bactérienne est intense. Après instauration d’une antibiothérapie adaptée, une baisse rapide de la PCT témoigne de l’efficacité du traitement.
Sigle : PCT
progérine n.f.
progerin
Protéine anormale provenant d’une mutation du gène LMNA (chromosome 1) codant pour la lamine, protéine tapissant normalement la face interne de la membrane nucleaire (la lamina nucléaire) et constituant de la structure du noyau, responsable de la progeria d’Hutchinson-Gilford.
Normalement la prélamine A, codée par le gène LMNA, se fixe sur la membrane nucléaire. La mutation entraîne la substitution d’un nucléotide de cytosine par une thymine (en position 1824). Il s’ensuit au cours de l’épissage des exons (avec suppression des introns) la perte pour la protéine pré-lamine d’une cinquantaine d’acides aminés ; la prélamine ainsi amputée prend le nom de progérine. Celle-ci ne peut subir les modifications post traductionnelles induites normalement par une métalloprotéase à zinc dont la séquence cible se trouve dans la partie éliminée. La progérine reste fixée à la membrane, remplace la lamine et ne peut participer à la structure et au métabolisme intranucléaire normalement exercés par la lamine.
Une progérine intervient également dans la réduction des télomères des chromosomes, témoin du vieillissement des cellules. Sa présence a été constatée dans les cellules sénescentes à télomères courts.
J. Hutchinson, Sir, chirurgien et anatomopathologiste britannique (1886) ; H. Gilford, chirurgien britannique (1897)
Étym. d’après progeria : gr. pro : avant ; gerôn : vieillard
→ progeria d'Hutchinson-Gilford, laminopathie, lamine
pro-insuline n.f.
proinsulin
Protéine précurseur de l'insuline qu'on trouve dans les cellules bêta ou B des îlots de Langerhans du pancréas et qui comporte 86 acides aminés.
La molécule enroulée en spirale permet la formation de ponts disulfure entre des cystéines de la région NH2-terminale (Cys 7 et 19) et des cystéines de la région C-terminale (Cys 72 et 85 respectivement). La transformation de la prohormone en hormone est due à un clivage protéolytique qui respecte ces ponts, mais qui détache une séquence peptidique d'une trentaine d'acides aminés du milieu de la pro-insuline, constituant le « peptide C » qui sera sécrété en même temps que l'insuline.
promoteur interne l.m.
internal promoter
Séquence de type promoteur présente en aval du promoteur intervenant in vivo.
Il correspondrait à un second site d'initiation de la transcription.
pro-bêta-NGF sigle pour pro-bêta-Nerve Growth Factor
Protéine précurseur d'une des chaines du facteur de croissance du nerf, le bêta-NGF, qui comporte aux extrémités NH2-terminale et COOH-terminale respectivement une séquence de 163 acides aminés et une de 2 acides aminés, qu'une protéolyse par une prohormone-convertase, la furine, détache pour laisser le bêta -NGF de 118 acides aminés.
Le bêta-NGF est la forme active du NGF.
→ facteur de croissance du nerf, furine
[C1, C3, H1]
Édit. 2019
PROPELLER (séquence IRM) l.f.
Séquence IRM destinée à diminuer les artefacts de mouvement.
Edit. 2018
[B2,B3]
protéine du choc thermique l.f.
heat shock protein (HSP)
Protéine relativement résistante à la chaleur dont la synthèse est déclenchée dans une cellule vivante par une élévation de la température au-dessus d'un seuil qui dépend de l'espèce, 30°C pour la Drosophile, 39 ou 40° pour l'Homme.
La transcription des gènes hs correspondant à ces protéines HSP est activée par des facteurs physiques ou chimiques sous la dépendance de chocs thermiques ou d'autres stress.
Les HSP jouent un rôle de molécules chaperonnes pour la mise en forme spatiale des protéines naissantes. La principale HSP a une masse moléculaire de 70 kDa (HSP70) ; elle fait partie des complexes majeurs d'histocompatibilité ; elle joue un rôle dans le démantèlement des vésicules mantelées avant leur transformation en endosomes. La HSP90 de masse moléculaire 90 kDa a été identifiée comme un inhibiteur naturel du récepteur nucléaire des hormones stéroïdes ; elle se fixe spécifiquement sur un domaine du récepteur qui devrait se lier à la séquence correspondante de l'ADN, et elle en est détachée par l'hormone lorsque celle-ci doit déclencher la transcription du gène. D'autres protéines analogues aux HSP sont dépendantes de divers stress et appelées protéines du stress, par ex. la HSP 32 kDa.
Sigle : HSP
→ protéine du choc thermique, protéine du coup de chaleur
protéine 1 et 2 liées au rétinoblastome l.f.
retinoblastoma binding protein-1 and protein-2
Deux protéines liées au gène du rétinoblastome, isolées à partir d'une protéine virale, transformant le papillovirus-16 humain, et liées étroitement sur la séquence ADN du gène du rétinoblastome (protéine virale homologue ou similaire).
Deux cDNAs ont été isolés qui codent les protéines de liaison au rétinoblastome RBBP1 et RBBP2 (MIM 180201, MIM 180202).
Deborah Defeo-Jones, biochimiste américaine (1991)
protéine plasmatique de transport du rétinol (déficit en) l.m.
retinol-binding proteine, plasma (deficiency)
Protéine de transport du rétinol (vitamine A) dont la séquence complète a été découverte par L. Rask, biochimiste suédois (1987) et localisée par M. Rocchi, généticien italien (1989), en 10q23-24.
Le déficit en RBP4, est autosomique dominante, il a donné dans une famille, lors d'une infection par la rougeole, une kératomalacie probablement par défaut d'absorption de vitamine A. Dans une autre famille, il s’est exprimé par une coloration orange des mains et du visage avec caroténémie et diminution du taux de vitamine A dans le sérum (MIM 180250).
T. Matsuo, ophtalmologiste japonais (1987)
protéine précurseur de l'amyloïde l. f.
amyloid precursor protein (APP)
Protéine transmembranaire fortement exprimée par les neurones dont l'hydrolyse peut conduire à la formation des peptides amyloïdes.
Plusieurs APP de tailles différentes dérivent d'un même gène du chromosome 21. Elles présentent une extrémité COOH-terminale extracellulaire de grande taille. Les APP ont surtout été étudiées dans le système nerveux central, dans lequel elles donnent naissance au cours du vieillissement normal ou pathologique à des peptides amyloïdes A-bêta. Elles peuvent subir deux voies métaboliques principales : la voie sécrétoire, qui comporte une protéolyse par une alpha-sécrétase dont le site d'action est localisé dans la séquence de l'Abêta et qui n'est donc pas amyloïdogène, et la voie endosomique-lysosomique, qui par des bêta- et gamma-sécrétases libère les peptides amyloïdes A-bêta 42 qui forme des dépôts dans le tissu cérébral, provoquant la maladie d’Alzheimer
→ peptide amyloïde A-bêta, peptide bêta-amyloïde, Alzheimer (maladie de)
[C1,H1]
Édit. 2018
protéobactéries n.f.p.
proteobacterias
Classification de bactéries pathogènes pour l’homme reposant sur la phylogénie (ou phylogénèse) et basée sur la détermination de la séquence du gène de l’ARN 16S ribosomique.
On en distingue quatre groupes : alpha 1, alpha 2, bêta, gamma.
protéome n.m.
proteoma
Ensemble des protéines d’un organisme, d’un fluide biologique, d’un organe, d’une cellule ou même d’un compartiment cellulaire exprimées par un génome à un moment précis en réponse à un environnement donné.
Le protéome est une entité dynamique et complexe. Au sein de chaque cellule, le contenu de protéines se modifie en permanence en fonction des conditions intra ou extra cellulaires. De plus, par le biais de réarrangements qui modifient ses fonctions biologiques, un même gène peut donner naissance à plusieurs protéines. Le protéome contient donc un nombre beaucoup plus important de protéines que le génome ne contient de gènes.
L’étude d’un protéome très complexe qui contient des milliers de protéines, comme celui du sang, du liquide séminal ou encore du liquide céphalo-rachidien, reste une aventure périlleuse qui nécessite l’expertise et la contribution de plusieurs laboratoires pendant plusieurs années. C’est l’objet du
L’étude des protéines a connu un essor spectaculaire au cours des années 90, avec l’avènement d’appareils - les spectromètres de masse - compatibles avec l’analyse de ces grosses molécules (ce qui valut le prix Nobel de chimie en 2002 à John Fenn, chimiste américain, et Koichi Tanaka, ingénieur chimiste japonais). Jusque-là, les scientifiques utilisaient une méthode chimique qui nécessitait de purifier des quantités importantes de chaque protéine avant de pouvoir en déterminer la séquence en acides aminés. Aujourd’hui, les spectromètres de masse permettent d’analyser des échantillons biologiques complexes, pouvant contenir des milliers de protéines, dont certaines présentes en faible quantité.
Étym. gr. prôtéios : de première qualité ; sanscrit ome : complétude, plénitude
→ protéomique, pharmacoprotéomique, omiques (sciences)
pseudogène n.m.
pseudogene
Gène inactif, ayant une structure homologue à celle d'un autre gène, qui ne peut être traduit en une protéine fonctionnelle, par suite d'une lésion moléculaire comme une substitution, une délétion, une insertion, par ex..
Certains gènes ancestraux peuvent avoir subi des mutations au cours des âges, laissant dans le génome une séquence inactive ; cela se trouve surtout pour les gènes qui, par duplication, sont en nombre excédentaire pour la synthèse d'une protéine donnée. Ce peut être aussi le cas de gènes qui ont été insérés dans le génome par rétrotranscription d'un RNA., puis inactivés. On a identifié un très grand nombre de pseudogènes homologues de gènes intervenant dans le système immunitaire (gènes de chaines lourdes et légères des immunoglobulines, gènes des TCR etc.). Certains gènes VH ou D ont été localisés hors du chromosome 14.
PTFR sigle pour Polymorphisme de Taille des Fragments de Restriction
RFLP
Propriété de l'ADN d'allèles homologues du même locus issus d'individus différents d'engendrer des fragments de tailles inégales sous l'action d'un enzyme de restriction.
La mise en évidence de ces différents fragments permet de reconnaître les variants dans la séquence primaire d'un ADN.