analyse génomique l.f.
genomic analysis
Etude de la constitution génomique d'un individu destinée à préciser, entre autres choses, son nombre de chromosomes (2n), son degré de ploïdie (x, 2x, 3x,...) ainsi que les particularités éventuelles de chacun des x chromosomes différents qu'il possède.
Cette étude permet d'avancer dans la connaissance de l'origine des espèces et par ex., par la méthode des hybridations, d'estimer le degré d'homologie chromosomique et par conséquent génétique de deux espèces, d'après la fréquence et la nature des associations chromosomiques observées à la méiose de leurs hybrides.
Étym. gr. analusis : décomposition
[Q1]
Édit. 2017
banque génomique l.f.
genomic library
Collection de fragments d’ADN, codant ou non codant, provenant d’un génome complet et insérés dans des vecteurs appropriés tels que des phages, des plasmides, ou des chromosomes artificiels (de bactérie ou de levure).
[Q1]
Édit. 2019
empreinte génomique l.f.
genomic imprinting
Caractéristique spécifique de l'ADN d’un génome appartenant à un organisme vivant ou d’un matériel issu d’un tel organisme.
1) Originellement, technique consistant à hydrolyser par un enzyme spécifique l'ARN d'un virus et à identifier par électrophorèse les nucléotides obtenus, le diagramme de bandes caractérisant le génome de la souche.
2) Par extension, technique appliquée à tout génome ADN ou ARN, d'une souche, d'un individu, ou d'une espèce pour le caractériser.
3) Modification épigénétique temporaire ou réversible du génome sous l'action de gènes modificateurs qui influencent l'expression de certains gènes de façon différente selon le sexe dont il est issu (empreinte parentale).
L'empreinte génomique est donc une des trois exceptions connues à la règle mendélienne de l'équivalence des croisements réciproques.
[Q1]
Édit. 2019
génomique adj.
genomic
Qui a trait au génome.
[Q1]
Édit. 2018
génomique n.f.
genomics
Science des génomes, regroupant un ensemble d'analyses qui vont de l'établissement de cartes du génome (cartographie) au séquençage des molécules d'ADN, de l'identification de nouveaux gènes, à l'étude de leurs fonctions.
L’essor de la génomique est dû en grande partie au développement d’autres sciences « omiques » (comme la transcriptomique, la protéomique, etc).Le projet de cartographie du génome humain a été lancé début 1985 et le programme entrepris en 1990, afin d'établir le séquençage complet de l'ADN du génome humain. Ce projet est le résultat d'une coopération scientifique internationale de grande ampleur s'étalant sur près de quinze ans. Son achèvement a été annoncé le 14 avril 2003. Les 3 milliards de paires de bases du génome humain sont distribués en 23 paires de chromosomes, qui portent 20 000 à 25 000 gènes (environ 20500 homologués). Sans le développement des sciences « omiques » le programme n’aurait pu être achevé aussi rapidement. Des logiciels spécialisés permettent de classer les gènes en fonction des homologies (ressemblances) de leurs séquences et donc de leurs fonctions. La séquence de l'ADN humain est stockée dans des bases de données en libre accès sur Internet (Genbank).
Ces connaissances sont importantes pour la recherche fondamentale effectuée dans le domaine public mais les enjeux économiques sont tout aussi importants. L'industrie pharmaceutique espère beaucoup des développements en matière de diagnostic ou de thérapie, basés sur les données du génome. Ceci soulève le problème de l'appropriation de certaines parties de l'information génétique de l'Homme. Le séquençage du génome pose en effet la question de la brevetabilité du vivant. L'UNESCO a déclaré le 11 novembre 1997 que le génome humain est partie intégrante du patrimoine de l'humanité, et ne saurait donc être la propriété de quiconque. Une séquence d'ADN en tant que telle ne peut pas être brevetée. Toutefois un procédé diagnostique ou thérapeutique utilisant un ou des gènes humains peut l'être.
Le projet du génome humain a été le point de départ de divers autres projets dans le but d'une amélioration de la santé publique : projet génome Estonie, projet CARTaGENE, en 2012 projet britannique 100 000 génomes, en 2013 projet génome Qatar, en février 2016 projet 100 000 génomes asiatiques du consortium GenomeAsia 100K, en juin 2016 projet de synthèse du génome humain, encore plus ambitieux qui consiste cette fois, non plus à lire ou à décrypter le génome mais à le construire, nécessitant d'assembler par voie chimique tous les fragments (les nucléotides) qui le constituent.
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Étym. gr. genos : origine, descendance ; sanscrit ome : complétude, plénitudegr
Réf. « Finishing the euchromatic sequence of the human genome » - Nature 2004; 431:931-945
→ omiques (sciences), gène, génome, chromosome
[A4,C3,F1,H1,I4,O6,Q1,Q2,Q3,Q4]
Édit. 2018
génomique fonctionnelle l.f.
functional genomics
Partie de la génomique qui étudie la fonction des gènes, leur régulation et les interactions de leurs produits d’expression, ARN et protéines.
L’étude nécessite l’analyse simultanée du transcriptome et du protéome, dans diverses conditions physiologiques et sur divers génotypes sauvages et mutants.
→ génomique, annotation fonctionnelle du génome, protéome, transcriptome
[Q1]
Édit. 2018
génomique structurale l.f.
Structural genomics
Partie de la génomique qui étudie la structure physique et l’organisation du génome et du protéome.
Dans une acceptation restreinte, la génomique structurale désigne la détermination de la structure tridimensionnelle des protéines et la compréhension des propriétés physicochimiques et biologiques qui en résultent.
→ génomique, annotation fonctionnelle du génome, protéome, annotation structurale du génome
[Q1]
Édit. 2018
leucémie aigüe myéloblastique (LAM) : paysage génomique l.f.
acute myeloid leukemia : genomic landscape
Etude du génome de la leucémie aigüe myéloblastique (LAM) par de nouvelles techniques génomiques.
Ces techniques faisant appel au séquençage de l’ensemble du génome et de l’exome ont montré que de nombreuses leucémies sont caractérisées par une hétérogénéité clonale au moment du diagnostic avec la présence d’un clone fondateur et d’au moins un sous-clone. Ces données obtenues par des études de l’évolution clonale sont un support pour un modèle dans lequel les gènes impliqués dans la régulation épigénétiques (DNMT3A, ASXL1, IDH2, et TET2) sont présents dans les cellules souches hématopoïétiques préleucémiques et interviennent très tôt dans l’évolution de la LAM. De telles cellules souches ancestrales préleucémiques sont capables d’une différenciation en plusieurs lignées, peuvent survivre à la chimiothérapie, et se développer durant les rémissions conduisant à d’éventuelles rechutes. Cette hématopoïèse clonale avec des mutations somatiques, portant sur les mêmes gènes (DNMT3A, ASXL1 et TET2), s’accroît avec l’âge et est associée avec un risque accru de cancer hématologique et de décès.
Le modèle mutationnel peut être indicatif de l’ontogénie de la LAM : c’est-à-dire, soit que la leucémie apparaît au diagnostic comme une maladie primaire, soit comme une affection secondaire à une pathologie myéloïde préalable telle qu’un syndrome myélodysplasique. C’est ainsi que les mutations de gènes SRSF2, SF3B1, U2AF1, ZRSR2, ASXL1, EZH2, BCOR, STAG2 définissent un sous-type génétique distinct de LAM qui partage des caractéristiques cliniques et pathologiques avec des LAM secondaires cliniquement confirmées.
Les investigations génétiques menées auprès de fratries atteintes de leucémie myéloïde mettent en évidence chez ces patients atteints de pathologies héréditaires une association avec des mutations germinales dans 10 gènes : ANKRD26, CEBPA, DDX41, ETV6, GATA2, RUNX1, SRP72, TERC, TERT, TP53.
H. Döhner, médecin interniste allemand, D. J. Weisdorf, hématologiste américain, C. D. Bloomfield, oncologue américaine (2015)
→ leucémie aigüe myéloblastique (définition et critères), leucémie aigüe myéloblastique (classification), ANKRD26, ASXL1, BCOR, CEBPA, DDX41, DNMT3A, ETV6, EZH2, GATA2, RUNX1, SF3B1, SRSF2, SRP72, STAG2, TERC, TERT, TET2, TP53, U2AF1, ZRSR2, leucémie aigüe myéloblastique (apport de la génétique et des données moléculaires)
[F1,Q1]
ARN sous-génomique l.m.
subgenomic RNA
ARN messager né de la transcription d’un brin d’ADN produite par une polymérase virale.
[Q1]
Édit. 2020