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alignement de séquences l.m.
alignment, sequence alignment
Procédé qui consiste à disposer des séquences de nucléotides ou d’acides aminés les unes sur les autres afin de les comparer.
Par exemple ATCGGGCTAATCC
ATCGGGCAAATCC
Cette technique permet de repérer des régions identiques et des variations dues à des changements (par exemple, différents allèles existant au sein d’une population ou bien des différences de séquence entre espèces). Un alignement de séquences (protéiques ou nucléiques) de plusieurs espèces permet d’identifier les régions conservées au cours de l’évolution pouvant être importantes pour la fonction biologique.
→ nucléotide, acide aminé, mutation, variant génétique
[Q1]
Édit. 2019
séquences hautement répétées l.f.
highly repeated sequence
Séquence d’ADN présente en un grand nombre de copies dans le génome.
[Q1]
Édit. 2017
séquences de suppression des graisses en IRM l.f.p.
fat saturation sequence (fat. sat.)
[B2,B3]
Édit. 2018
séquences de suppression des liquides en IRM l.f.p.
liquid suppression sequence
[ B2,B3]
Édit. 2018
séquences de suppression tissulaire en IRM l.f.p.
tissue suppression sequence
→ suppression des graisses, suppression des liquides
[B2,B3]
Édit. 2018
capacité de diffusion pulmonaire l.f.
pulmonary diffusing capacity (DL)
Volume de gaz qui franchit la membrane alvéolocapillaire en 1 mn pour une différence de pression partielle du gaz de 1 mm Hg.
Elle s'exprime en mL/mn/mm Hg ou mieux en mMol/L/kPa. Les résultats sont exprimés en valeur absolue et en pourcentage de valeurs théoriques tenant compte de l'âge, de la taille et du sexe.
Elle comporte une composante liée à la membrane (épaisseur et surface) et une partie liée aux caractéristiques du gaz (PM et solubilité) et au volume capillaire. Elle est 20 fois plus élevée pour le gaz carbonique que pour l'oxygène, augmente à l'exercice, est diminuée en cas de maladie interstitielle pulmonaire ou d'amputation importante du lit vasculaire pulmonaire.
On apprécie la capacité de diffusion pulmonaire par la mesure de la diffusion du CO. Lors de cette mesure en laboratoire on peut aussi apprécier la part qui revient à chaque composante.
[C2,K1]
coefficient de diffusion de l'oxyde de carbone l.m.
→ DL CO
[C2]
diffusion n.f.
diffusion
Dans un milieu fluide, passage de molécules, d’ions ou de particules, d’un point de haute concentration ou de température plus élevée vers un point de plus faible concentration ou de température plus basse, sous l’influence de l’agitation moléculaire.
Dans l’organisme, la diffusion des molécules intéresse tous les échanges au sein des milieux liquides ou gazeux ou entre deux milieux séparés par une membrane (les particules colloïdales ne traversent pas les membranes).
En raison de la formule de calcul de l'énergie cinétique (E = mv2/2), la vitesse v d'une particule de masse m, est proportionnelle à la racine carrée de son énergie cinétique, qui croît avec la température (le Q10 est de l'ordre de 1,5). Le débit V ′M, des molécules de masse moléculaire M entre deux points voisins est proportionnel à la différence de concentration ou, ce qui revient au même, de pression partielle ∆PM (loi de Fick). Comme à énergie cinétique égale les molécules lourdes vont moins vite que les légères, le débit de diffusion est inversement proportionnel à l'inverse de la racine carrée de la masse moléculaire M (loi de Graham) et à la viscosité du milieu. Einstein a montré que la diffusion était proportionnelle au tiers du produit de la vitesse des molécules par leur libre parcours moyen.
Les molécules traversant une membrane continue (ex. membranes organiques), doivent s'y dissoudre. Il faut donc tenir compte d'un coefficient de dissolution α (loi d'Exner). Entre deux milieux, pour une membrane de surface s et d'épaisseur e, on a : 
avec k : coefficient de diffusion.
Si toutes choses étant égales par ailleurs, on compare le débit de diffusion V' de deux sortes de molécules de solubilité α 1 et α 2 et de masses moléculaires m1 et m2, le rapport des débits de diffusion est :
Connaissant le débit de diffusion d'une espèce de molécule, cette formule permet de calculer le débit de diffusion d'une autre catégorie de molécule. Ainsi, la capacité de diffusion pulmonaire au CO étant connue, cette formule permet de déterminer celle d'autres gaz.
2) En pathologie :
diffusion
Dissémination dans l’organisme, d’une substance (telle qu’un médicament) ou d’un agent pathogène.
3) En ophtalmologie :
leakage
Résultat de l'accumulation anormale de fluorescéine dans une cavité liquidienne néoformée ou de l'imprégnation anormale par la fluorescéine, d'un tissu solide.
4) En imagerie
scattering
Conséquence des interactions entre les particules d'un rayonnement et un milieu, entraînant un changement de leur direction ou encore, leur remplacement par des particules de même nature, d'énergie plus faible et de direction différente.
La diffusion des électrons est produite par les collisions avec transfert d'énergie élevé et par les freinages ; celle des photons X et gamma est due essentiellement à l'effet Compton.
5) en IRM
diffusion weighted MR
Étym. lat. diffusio : action de répandre complètement
→ imagerie de diffusion (en IRM)
[B2,B3,P2,B1,C2]
Édit. 2018
diffusion alvéolocapillaire l.f.
Pc : pression capillaire
→ capacité de diffusion, transfert alvéolo-capillaire
diffusion angiographique l.f.
angiographic diffusion
Déplacement de particules d'une zone à haute concentration vers une zone à basse concentration pour aboutir à un équilibre entre les deux zones.
diffusion (capacité de) des poumons l.f.
diffusion lungs capacity
Rapport entre le débit d'un gaz g et sa différence de pression partielle motrice entre l'alvéole et le capillaire pulmonaire (ou plus exactement l'intérieur de l'hématie).
Elle se mesure en mL/min/mm de Hg, on l'exprime aussi maintenant en mL/min/hPa .
La formule 
valable pour un alvéole, a été généralisée à l'ensemble des poumons bien qu'elle soit alors très approximative étant donné l'inhomogénité de la ventilation et de la circulation pulmonaires. Elle est pourtant utile en clinique pour caractériser les troubles de diffusion des gaz lors de leur passage de l'air au sang. A côté des éléments correspondants à la surface et à l'épaisseur de la membrane alvéolaire, figurés par Dm, il faut encore tenir compte du volume Qc du sang capillaire pulmonaire dans lequel le gaz se fixe avec une vitesse de fixation de sorte qu'on a (par analogie avec un circuit électrique :
formule qui explicite le rôle des deux éléments.
En pratique, la capacité de diffusion de l'oxygène, DLO2, peut difficilement se mesurer en régime stable à partir de la PaO2 en utilisant la formule initiale (la PaO2 est un peu plus faible que celle des capillaires pulmonaires) et de la PAO2, mal représentée par l'air de fin d'expiration, de sorte que cette mesure très approximative et peu fidèle n'est pratiquement pas utilisée en clinique.
Mais la formule initiale se simplifie pour les gaz qui, à très faible concentration, ont une très grande affinité pour l'hémoglobine, tel le monoxyde de carbone, CO, parce que la PCO est alors quasi-nulle à l'intérieur des globules rouges et la vitesse de fixation sur l'hémoglobine est très grande. On peut alors écrire :
DLCO = V'CO/PA CO.
Par conséquent la détermination de la capacité de diffusion des poumons au CO, plus facile à mesurer et mieux définie que la capacité de diffusion des autres gaz, sert de méthode de référence.
La DLCO est d'environ 40 mL/min/hPa au repos et de 44 mL/min/hPa à l'exercice chez le sujet normal. Elle est augmentée dans les cardiopathies avec court-circuit gauche-droit, diminuée légèrement au cours de la grossesse et fortement dans les pneumopathies.
La mesure de la DLCO se fait principalement par la méthode en apnée (Marie Krogh, 1915) ou par celle d'équilibration.
En ce qui concerne les autres gaz, notamment les gaz anesthésiques l'on se base sur les propriétés physiques du gaz considéré : masse moléculaire, solubilité dans la membrane (pratiquement celle dans l'eau). La capacité de diffusion est proportionnelle au coefficient de solubilité et inversement proportionnelle à la racine carrée de la masse moléculaire du gaz. On utilise la capacité de diffusion du CO, de masse moléculaire 28 comme référence : la formule donnée à l'article «diffusion», ci-dessus, devient pour un gaz g, de masse moléculaire Mg,
avec α CO = 0,0217 g/L à 37°C :
Etant donné tout ce qu'a de conventionnel la notion de capacité de diffusion pulmonaire, la généralisation de cette formule aux autres gaz que le CO ne peut donner qu'un ordre de grandeur. Pour l'azote, de masse moléculaire 28, le coefficient de proportionnalité, rapport des coefficients de solubilité, est égal à 0,67 et le rapport sous la racine est égale à l'unité, on a donc :
DLN2 = O, 67 DLCO.
Etant donné la grande solubilité du dihydroxyde de carbone dans l'eau (1,0522 g/L, soit 600 mL/L à 37°C), le CO2 a une capacité de diffusion de l'ordre de DLCO2 = 1500 mL/min/hPa, elle est 20 fois plus grande que celle de l'oxygène. De ce fait l'écart alvéolocapillaire de pression partielle de CO2 est très faible : pour un débit de dihydroxyde de carbone normal au repos, V'CO2 = 130 mL/min, l'écart alvéolo-capillaire du CO2 est inférieur à 0,1 mm de Hg, c'est-à-dire de l'ordre de grandeur des erreurs de mesure, ce qui justifie l'hypothèse d'Enghoff : PACO2 = PaCO2 .
August Krogh, prix Nobel de médecine en 1920 et Marie Krogh-Jørgensen, physiologistes danois (1910)
Syn. capacité de transfert pulmonaire, constante de diffusion pulmonaire
→ capacité, diffusion, diffusion pulmonaire (mesure de la), physiologie respiratoire (symboles de)
diffusion (coefficient de) l.m.
coefficient of diffusion, diffusivity
Coefficient de proportionnalité déterminant le débit de molécules à travers une surface donnée en fonction de la différence de pression partielle motrice.
Dans un liquide, la diffusivité ou coefficient de diffusion est définie par le nombre de molécules traversant une surface unitaire par unité de temps sous influence d'une différence de concentration molaire, elle est inversement proportionnelle à la viscosité du liquide. Pour les gaz la diffusion obéit à la loi de Graham.
Exemples de diffusivité exprimée à 37°C en mol/cm2/s :
- diffusivité dans l'air : vapeur d'alcool éthylique, 0,138 ; vapeur d'eau, 0,2217 ; oxygène, 0,157 ; dioxyde de carbone, 0,122 ; vapeur d'éther, 0,084.
- diffusivité dans l'eau d'une solution de saccharose molaire, 0,28.
A. Fick, physicien et physiologiste allemand (1829-1901) ; Th. Graham, chimiste britannique (1805-1869)
→ Fick (loi de), Graham (loi de), solubilité
diffusion en IRM l.f.
diffusion weighted MR sequence
→ imagerie de diffusion (en IRM).
[B2,B3]
Édit. 2018
diffusion (imagerie de) l.f.
imaging of distribution
[B2,B3]
Édit. 2018
diffusion pulmonaire (mesure de la) l.f.
measure of the pulmonary diffusion
Les méthodes usuelles de mesure de la diffusion pulmonaire utilisent le monoxyde de carbone à faible concentration (de l'ordre de 0,2%), deux principales méthodes sont utilisées celle en apnée de Marie Krogh et celle en état stable.
Marie Krogh-Jørgensen, physiologiste danoise (1915)
[Méthode en état stable : le sujet respire dans un sac contenant le mélange chargé du CO et expire dans un autre sac. Lorsque la CO est stabilisée dans le second sac,on peut calculer la DLCO. Cette méthode est moins précise que la précédente du fait de l']
imagerie de diffusion en IRM l.f.
diffusion weighted images (DWI)
L’imagerie de diffusion est une technique d’IRM qui étudie la manière dont les molécules d’eau diffusent au sein d’un tissu.
L’IRM est l’imagerie du proton de l’hydrogène et l’eau la principale source d’hydrogène du corps humain. La température du corps est à l’origine d’une agitation thermique (mouvements browniens), donc d’une diffusion des molécules d’eau. Plus l’eau est libre, plus l’agitation est importante, plus la diffusion est grande. Inversement, plus l’eau est liée, plus les obstacles à l’agitation sont importants et plus la diffusion est faible.
En IRM, les mouvements des protons d’hydrogène, surtout s’ils sont importants, sont source de déphasages, responsables d’une diminution du signal. Celle-ci est mesurable à l’aide de séquences adaptées, dites séquences de diffusion : gradients supplémentaires ajoutés à une séquence de type écho planar spin écho. La performance de ces gradients s’exprime par un facteur b. Plus b est important, plus la séquence est sensible au phénomène de diffusion. On observe un hypersignal en cas de diffusion faible, et un hyposignal en cas de diffusion rapide.
Dans un milieu homogène (isotrope) les molécules d’eau diffusent de manière équivalente dans toutes les directions de l’espace. Le coefficient de diffusion D chiffre cette diffusion en mètre/seconde. En IRM, pour des raisons de définition spatiale on mesure non pas le coefficient de diffusion direct de chaque molécule d’eau, mais la moyenne des coefficients de diffusion au sein d’une unité de volume (voxel) : c’est le coefficient de diffusion apparent (CDA).
Les tissus biologiques contiennent des obstacles anatomiques (membranes…) qui ralentissent la diffusion. Ces obstacles peuvent être répartis de façon homogène (tissu isotrope) ou avoir une orientation préférentielle (tissu anisotrope, par exemple les fibres d’un tendon ou d’un nerf) qui privilégie une direction de diffusion par rapport aux autres.
Cette direction préférentielle peut être étudiée par le biais d’une matrice mathématique (le tenseur de diffusion), qui permet une cartographie des faisceaux de fibres nerveuses (tractographie, ou fiber tractography)
Des séquences IRM spécifiques qui nécessitent des gradients puissants donc un appareillage récent, étudient la vitesse de la diffusion (imagerie de diffusion) et sa direction préférentielle (imagerie en tenseur de diffusion).
Cette technique a actuellement de très importantes applications en neurosciences : diagnostic précoce des accidents vasculaires cérébraux ischémiques, diagnostic différentiel entre hématome et tumeur, mise en évidence des maladies de la substance blanche, étude de la direction et de la morphologie des faisceaux de fibres nerveuses du cerveau, de la moelle ou des nerfs (tractographie)... ainsi qu'en hépatologie, en pathologie mammaire… De nouveaux champs sont en cours d'exploration.
D. Le Bihan, médecin radiologue français, membre de l’Académie nationale de Médecine (2003)
Étym. lat. imago : image, représentation
[B2,B3]
Édit. 2018
imagerie en tenseur de diffusion (en IRM) l.f.
diffusion tensor imaging ou DTI
→ imagerie de diffusion (en IRM)
[B2,B3]
Édit. 2018
IRM de diffusion et de perfusion dans les accidents ischémiques cérébraux l.f.
diffusion and perfusion MRI in cerebral ischemic strokes
Séquences IRM permettant de déceler très précocement un infarctus cérébral, alors que le scanner ne peut reconnaître immédiatement qu'une hémorragie cérébrale.
Très sensible, l'IRM de diffusion permet de visualiser l’œdème cytotoxique dès les premières minutes. Traduite par un hypersignal, la chute du coefficient apparent de diffusion doit être mesurée par cartographie. Sa spécificité est proche de 100%. La superposition de l'IRM de perfusion à cette méthode permet de mettre en évidence l'existence d'une éventuelle "pénombre" ischémique. Ainsi sont distingués les patients pouvant bénéficier d'un traitement en urgence comme la thrombolyse ou la thrombectomie. Celui-ci doit intervenir dans les trois premières heures.
→ imagerie de diffusion (en IRM), imagerie de perfusion (en IRM)
[B2,B3,H1]
Édit. 2018
Mancini (test de diffusion radiale de) l.m.
Mancini’s test
Giulietta Mancini, biochimiste italienne (1964)
→ immunodiffusion radiale simple (test de)
séquence de diffusion en IRM l.f.
diffusion weighted MR sequence
Syn. séquence pondérée en diffusion
→ imagerie de diffusion en IRM
[B2,B3]
Édit. 2018
séquence pondérée en diffusion en IRM l.f.
→ séquence de diffusion en IRM
[B2,B3]
Édit. 2018
voile de diffusion l.m.
scattered ray fog
Apport parasite du rayonnement diffusé au noircissement du film radiographique.
Dans les conditions courantes, le rayonnement diffusé, lors de la traversée du sujet, constitue 80 à 90% du faisceau de rayons X émergeant : son intensité presque uniforme estompe le contraste des éléments d'images produits par le rayonnement primaire. On réduit ce voile principalement en utilisant une grille antidiffusante.