RT-PCR sigle angl.pour Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction
Technique d’amplification d’un ARN in vitro, variante de la technique PCR qui permet, elle, d’amplifier des ADN.
Pratiquement, la première étape consiste à transformer l’ARN en ADN, appelé ADN complémentaire ou ADNc en utilisant une enzyme, la transcriptase inverse.
La seconde étape consiste à amplifier cet ADNc en utilisant la technique PCR, d’où l’appellation RT-PCR. Il est ainsi possible d’analyser, aussi bien qualitativement (séquence, taille,…) que quantitativement, un ARN donné présent au sein d’un mélange d’ARN différents, qui peut être l’ensemble de tous les ARN d’une cellule, sans avoir à le purifier et cela même s’il n’est présent qu’en quantité infime dans le mélange.
En recherche cette technique d’amplification est surtout utilisée pour analyser l’expression des gènes. Elle est utilisée fréquemment dans les laboratoires d’analyses médicales dans le cadre du diagnostic ultrasensible, et le suivi au cours du traitement, de maladies transmissibles, principalement des maladies virales dont le patrimoine génétique du virus responsable est un ARN comme le VIH dans le SIDA ou le VHC dans l’hépatite C.
→ ADN complémentaire, ARN messager, PCR, transcriptase inverse, ADN complémentaire
PCR sigle pour polymerase chain reaction
→ amplification en chaîne par polymérase
[Q1]
Édit. 2019
PCR sigle angl.f. pour Polymerase Chain Reaction
Technique d’amplification génique en chaîne par une polymérase, méthode de multiplication in vitro des acides nucléiques ou de leurs fragments pour la recherche en génétique, faisant intervenir des cycles successifs d'appariements d'oligonucléotides spécifiques et d'élongation à l'aide d'une ADN-polymérase.
Cette technique d’amplification génique est très utilisée, notamment pour le diagnostic des maladies transmissibles où elle permet la mise en évidence de séquences caractéristiques de l’ADN de l’agent causal.
K. Mullis, biochimiste américain, prix Nobel de chimie en 1993 (1986)
Syn. ACP (sigle français correspondant à PCR), réaction de polymérisation en chaîne
annotation fonctionnelle du génome l.f.
functional annotation
Opération consistant à assigner des fonctions biologiques aux séquences d’un génome identifiées lors de son annotation structurale.
→ génomique fonctionnelle, annotation structurale du génome
[Q1]
Édit. 2019
annotation structurale du génome l.f.
structural annotation
Opération consistant en l’analyse de la séquence d’un génome, afin d’identifier et de localiser ses séquences remarquables (gènes, séquence régulatrices, etc).
L’annotation structurale exploite les homologies (ressemblances) entre des motifs d’ADN pour reconnaître des séquences conservées et donc potentiellement fonctionnelles. Cette analyse permet d’identifier des séquences codantes, des motifs régulateurs, des séquences répétées (transposons, microsatellites, minisatellites, virus intégrés dans le génome, etc).
Syn. annotation syntaxique
→ génomique structurale, génome, ADN, transposon, séquence codante
[Q1]
Édit. 2019
génome n.m.
genoma
Ensemble du matériel génétique, codant et non codant, d'une cellule, d'un virus ou d'un organite, c'est-à-dire du patrimoine chromosomique héréditaire.
Selon le mode de transmission du patrimoine génétique, le génome est qualifié d'haploïde, de diploïde ou de polyploïde, lorsqu'il y a une seule, deux ou plusieurs copies du chaque chromosome dans la cellule.
→ haploïde, diploïde, polyploïde
mobilisation d'un génome l.f.
genome mobilisation
Transfert complet ou partiel d'un génome d'une cellule à une autre par l'intermédiaire d'un plasmide conjugatif lors d'une conjugaison bactérienne.
1) Une partie du chromosome bactérien d'une cellule Hfr peut être transférée par un plasmide conjugatif à une cellule F : c'est la mobilisation chromosomique.
2) Un plasmide non conjugatif peut être transféré après co-intégration avec un plasmide conjugatif : c'est un cotransfert.
3) Un plasmide non conjugatif peut être transféré seul lorsqu'il utilise les liaisons intercellulaires créées par un plasmide conjugatif.
Étym. lat. mobilis : mobile, de movere : mouvoir : gr. genos : origine, naissance
→ plasmide F, plasmide conjugatif, plasmide non conjugatif, cotransfert
protéine gardienne du génome l.f. (désuet)
[C1]
Édit. 2017
zone de sécurité du génome l.f
genomic safe harbor (GSH)
Site du génome apte à intégrer un nouvel ADN qui sera fonctionnel et n’altèrera pas le génome hôte.
Les zones ainsi définies sont idéales pour y introduire des transgènes à application thérapeutique (thérapie génique). Leur identification et leur validation dans le génome humain sont en cours.
[Q1]
Édit. 2017
système mini-génome l.m.
mini-genome system
Transfection de cellules en culture avec un mélange de plasmides permettant l’expression des protéines virales et d’un ARN pseudo-viral porteur d’un gène rapporteur, la luciférase par exemple,
Ce système permet de reconstituer des pseudo-ribonucléides virales et d’évaluer ainsi l’activité de la polymérase virale en mesurant l’activité du gène rapporteur dans les lysats de cellules transfectées.
[D1]
Édit. 2020