foodomique n.f.
foodomic
Analyse des aliments transgéniques avec les sciences omiques : transcriptomique, protéomique et métabolomique.
L’innocuité d’une variété génétiquement modifiée (GM) est évaluée selon le principe d’équivalence substantielle. Ce principe largement appliqué dans le monde pour l’approbation des OGM a été développé par l’OCDE et propose de comparer la composition entre la variété GM et son équivalent non-GM. Ce processus requiert des méthodes de pointe afin de vérifier les effets pléiotropiques - les effets d’interférence inattendus chez la plante - d’une variété transgénique. L’utilisation de ces principales technologies pour caractériser les OGM est discutée d’un point de vue critique et des études d’équivalence sont citées. La transcriptomique vérifie les profils d’expression des gènes en étudiant les ARNm avec des puces à ADN. Cette approche très préconisée auparavant permet d’analyser les sentiers métaboliques et les voies de signalisation. La protéomique permet d’étudier l’ensemble des protéines, qui sont importantes dans un contexte d’innocuité alimentaire puisqu’elles peuvent être des toxines, des allergènes ou des anti-nutriments. L’approche majoritairement utilisée est l’électrophorèse 2-D pour cibler les protéines qui varient significativement, suivie de leur identification par spectrométrie. La protéomique a permis de comprendre comment la transformation génétique a modifié l’abondance protéique, la structure et la fonction, des effets attendus à la suite d’une modification génétique. Finalement, la métabolomique permet de détecter les effets sur le métabolisme de la plante modifiée, qui est souvent un objectif lors de la conception d’une nouvelle variété GM. L’exemple le plus connu est le Golden Rice, qui synthétise le β-carotène, une vitamine essentielle souvent déficiente dans l’alimentation infantile des pays en voie de développement. Cette science fait face à plusieurs défis attribués à la grande variabilité chimique des métabolites à l’étude. Les données obtenues à la suite des analyses sont nombreuses et l’application de la bioinformatique est essentielle pour établir un portrait métabolique clair. Synthèse de A. Munger, coordonnatrice adjointe, Observatoire Transgène à l'Université Laval - Québec
A. Valdés, chimiste espagnol (2013) ; Aurélie Munger, biologiste canadienne (2015)
Réf. 1. A. Valdés, C. Simo, C Ibanez, V García-Canas : «Stratégies foodomiques pour l'analyse des aliments transgéniques » - Trends trac in Analytical Chemistry, 2013, 52, 2-15
2. A. Valdés, C. Ibáñez, C. Simo, V. Garcia-Cañas : « Les récents progrès tr
→ Authors omiques (sciences), transcriptomique, protéomique, métabolomique.
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