homologue adj.
homologous
Se dit d'entités analogues semblables par leur fonction, par leur structure ou par leur origine.
P. ex., deux protéines sont dites homologues lorsqu'elles présentent un degré élevé de simili
Étym. gr. homologos : semblable
hybridation sur colonie l.f.
colony hybridation, Grunsrein-Hogness’procedure
Hybridation in situ qui permet l’identification des clones bactériens possédant une séquence d’ADN d’intérêt.
L’hybridation sur colonie se fait à l’aide d’une sonde d’ADN complémentaire de la séquence d’intérêt.
[Q1]
Édit. 2018
imagerie de diffusion en IRM l.f.
diffusion weighted images (DWI)
L’imagerie de diffusion est une technique d’IRM qui étudie la manière dont les molécules d’eau diffusent au sein d’un tissu.
L’IRM est l’imagerie du proton de l’hydrogène et l’eau la principale source d’hydrogène du corps humain. La température du corps est à l’origine d’une agitation thermique (mouvements browniens), donc d’une diffusion des molécules d’eau. Plus l’eau est libre, plus l’agitation est importante, plus la diffusion est grande. Inversement, plus l’eau est liée, plus les obstacles à l’agitation sont importants et plus la diffusion est faible.
En IRM, les mouvements des protons d’hydrogène, surtout s’ils sont importants, sont source de déphasages, responsables d’une diminution du signal. Celle-ci est mesurable à l’aide de séquences adaptées, dites séquences de diffusion : gradients supplémentaires ajoutés à une séquence de type écho planar spin écho. La performance de ces gradients s’exprime par un facteur b. Plus b est important, plus la séquence est sensible au phénomène de diffusion. On observe un hypersignal en cas de diffusion faible, et un hyposignal en cas de diffusion rapide.
Dans un milieu homogène (isotrope) les molécules d’eau diffusent de manière équivalente dans toutes les directions de l’espace. Le coefficient de diffusion D chiffre cette diffusion en mètre/seconde. En IRM, pour des raisons de définition spatiale on mesure non pas le coefficient de diffusion direct de chaque molécule d’eau, mais la moyenne des coefficients de diffusion au sein d’une unité de volume (voxel) : c’est le coefficient de diffusion apparent (CDA).
Les tissus biologiques contiennent des obstacles anatomiques (membranes…) qui ralentissent la diffusion. Ces obstacles peuvent être répartis de façon homogène (tissu isotrope) ou avoir une orientation préférentielle (tissu anisotrope, par exemple les fibres d’un tendon ou d’un nerf) qui privilégie une direction de diffusion par rapport aux autres.
Cette direction préférentielle peut être étudiée par le biais d’une matrice mathématique (le tenseur de diffusion), qui permet une cartographie des faisceaux de fibres nerveuses (tractographie, ou fiber tractography)
Des séquences IRM spécifiques qui nécessitent des gradients puissants donc un appareillage récent, étudient la vitesse de la diffusion (imagerie de diffusion) et sa direction préférentielle (imagerie en tenseur de diffusion).
Cette technique a actuellement de très importantes applications en neurosciences : diagnostic précoce des accidents vasculaires cérébraux ischémiques, diagnostic différentiel entre hématome et tumeur, mise en évidence des maladies de la substance blanche, étude de la direction et de la morphologie des faisceaux de fibres nerveuses du cerveau, de la moelle ou des nerfs (tractographie)... ainsi qu'en hépatologie, en pathologie mammaire… De nouveaux champs sont en cours d'exploration.
D. Le Bihan, médecin radiologue français, membre de l’Académie nationale de Médecine (2003)
Étym. lat. imago : image, représentation
[B2,B3]
Édit. 2018
importine n.f.
importin
Caryophérine, protéine cytosolique ayant un rôle dans le transport de certaines protéines exogènes vers l'intérieur du noyau.
Une importine comporte deux sous-unités : une importine α qui s'unit à la protéine porteuse d'une séquence signal dite « NLS » (nuclear localization sequence) et une importine β qui peut se fixer sur une protéine de la membrane nucléaire, dite nucléoporine.
→ caryophérine, nucléoporine, exportine
[C1, C3]
Édit. 2019
isoforme n.f. et adj.
isoform
Forme différente d’une molécule, en particulier d’une protéine produite à partir d’un gène.
- Elle peut être liée lors de la transcription d’un gène à l’adjonction ou à la suppression d’une séquence. Ces modifications sont dues le plus souvent à un épissage alternatif qui ajoute ou supprime la transcription d’un ou de plusieurs exons dans la séquence du gène. Ces protéines isoformes sont différentes dans leur constitution et leur fonction des autres protéines codées par le même gène de sorte que le nombre de protéines produites par le génome est très supérieur au nombre des gènes.
- Elle peut aussi correspondre à une molécule de structure comparable ou très voisine, de fonction identique ou peu différente produite par traduction d’un gène d’un autre site du même chromosome ou d’un chromosome différent.
Étym. gr. isos : pareil, comparable ; lat. forma : forme
→ épissage, exon, transcription, traduction
karyophérine n.f.
karyopherin
Protéine cytosolique, qui a été décrite dans la levure, ayant un rôle dans le transport de certaines protéines exogènes vers l'intérieur du noyau.
Une karyophérine comporte deux sousunités : une sousunité a qui s'unit à la protéine porteuse d'une séquence signal dite « NLS » (nuclear localization sequence), et une sousunité b qui peut se fixer sur une protéine de la membrane nucléaire, dite nucléoporine. Selon leur masse moléculaire les karyophérines sont appelées Kap 95p, Kap 104p, Kap 123p, etc.
multi-échos (séquence IRM) l.f.
multiecho (sequence)
En IRM, séquence d'écho de spin dans laquelle un grand nombre d'échos est généré après une impulsion de radiofréquence de 90°.
Dans les séquences classiques d’écho de spin on utilise après une impulsion de 90° seulement 2 ou 3 échos provoqués par 2 ou 3 impulsions de 180°. En écho de spin rapide, chaque impulsion de 90° est suivie d'une série d'impulsions de 180° permettant d'obtenir un train d'échos successifs rapprochés (séquence multi-échos).
Étym. lat. multum : nombreux ; echo : bruit rapporté
[B2,B3]
Édit. 2018
mutagénèse in vitro l.f.
in vitro mutagenesis
Mutagénèse pratiquée sur une séquence d'ADN isolée par clonage ; elle peut avoir lieu en traitant directement l'ADN par un mutagène.
On peut procéder à des mutagénèses in vitro de différentes façons, p. par exemple en délétant le gène cloné par une exonucléase ou par une endonucléase de restriction (mutagénèse par délétion), en insérant une séquence d'ADN à l'intérieur du gène (mutagénèse par insertion), etc.
Étym. lat. mutare : changer, déplacer ; gr. genesis : formation
myéloMR l.f.
Séquence IRM composée de coupes coronales radiaires de la colonne lombaire fortement pondérées en T2 avec saturation du signal de la graisse, qui visualisent le LCS et les racines de la queue de cheval en fournissant des vues de type myélographie.
Cette séquence, qui peut être réalisée au cours des IRM de routine de la colonne lombaire, a tendance à remplacer les saccoradiculographies classiques. Elle présente cependant avec ces dernière une différence fondamentale : être effectuée en décubitus et non en position debout comme les saccoradiculographies, ce qui peut être source de modifications majeures.
[B2,B3]
Édit. 2018
polylieur n.m.
polylinker
En génétique moléculaire, séquence oligonucléotidique synthétique bicaténaire, possédant plusieurs sites de restriction, qu'on ajoute in vitro à une séquence d'ADN.
On l'appelle plus souvent un lieur multisite.
Syn. séquence de liaison
profilage ribosomique n.m
ribosome profiling
Technique permettant de suivre la position des ribosomes sur les ARN messagers (ARNm) à un moment donné pendant la traduction.
La synthèse des protéines est assurée par les ribosomes, complexes composés de protéines et d’ARN ribosomaux qui reconnaissent les ARNm et les traduisent. La technique de profilage ribosomique repose sur le fait que l’ARNm lié au ribosome est protégé de la digestion enzymatique. En comparant la séquence de départ à la séquence digérée à un moment donné, il est possible d’étudier la traduction de l’ensemble des ARN messagers de la cellule. Le profilage ribosomique est utile pour analyser les mécanismes de contrôle de la traduction mis en place dans la cellule pour répondre aux infections virales. Dans ce cas, en effet, les virus qui sont dépourvus de ribosomes utilisent ceux de la cellule hôte pour traduire leurs ARNm.
rephasage des spins sur les échos pairs l.m.
in phase spins on even echos
En IRM, lors de l'utilisation d'une séquence d'écho de spin avec échos multiples et gradient de codage en fréquence symétrique, phénomène qui apparaît lorsqu'un vaisseau a un trajet suffisamment long au sein du plan de coupe, caractérisé par la disparition du signal sur les échos impairs et sa réapparition sur les échos pairs.
Le gradient de lecture bipolaire normal n'est efficace, pour maintenir les spins en phase, que sur les protons stationnaires. Il ne l'est pas sur ceux en mouvement, dont la position change entre l'application de chacun des deux lobes du gradient. C'est le cas des protons contenus dans les vaisseaux du plan de coupe. Leur déphasage peut être à l'origine d'artéfacts de flux. Mais si, dans une séquence d'écho de spin à échos multiples, on utilise un gradient de codage en fréquence symétrique, le déphasage des spins lié au flux, présent sur le premier écho, est exactement compensé sur le deuxième, de sorte qu'il y a récupération du signal et ainsi de suite. Ce phénomène s'observe si le flux est relativement lent et sa vitesse constante (flux veineux ; aorte sur des coupes faites en diastole sur des séquences synchronisées avec l'onde R de l’électrocardiogramme ; flux ralenti quelle qu'en soit la raison). Ce phénomène est exploité dans la technique d'ARM (angiographie par résonance magnétique) par contraste de phase, ou pour renforcer le signal intraluminal en ARM par temps de vol.
[B2,B3]
Édit. 2018
réplicon de base l.m.
basic replicon
Dans un plasmide, séquence minimale indispensable à sa réplication.
Cette séquence comprend une ou plusieurs origines de réplication et parfois les gènes de structure de protéines nécessaires à la réplication.
→ minichromosome, miniréplicon, plasmide
rétinoblastome-like 2 et like 1 l.m.
retinoblastoma-like 1 and 2
Gène humain, RBL2, conforme au gène du rétinoblastome mais situé sur une autre région en 16q12.2 et non en 13q14.12-14.2 (gène du rétinoblastome).
A partir d'une séquence de la protéine E1A, qui fait une liaison étroite avec la séquence du gène du rétinoblastome (protéine homologue ou similaire), Mayol a cloné un gène humain, RBL2, en un autre site. Des délétions en 16q ont été trouvées dans plusieurs cancers humains (poumon, ovaires, foie, prostate) ce qui laisse entendre que ce gène a une action anti-oncogène. Une technique un peu différente a été utilisée pour identifier le RBL1 ou CP107, dont le locus est en 20q11.2 et qui est un homologue du gène du rétinoblastome et intervient dans le contrôle de la croissance et de la régulation cellulaire. Affection à hérédité indéterminée (MIM 180203).
M. E. Ewen, bio-oncologue américain (1991) ; X. Mayol, biologiste espagnol en activités aux États-Unis (1993)
RGD séquence l. f. sigle d'après la nomenclature des acides aminés pour R : arginine, G : glycine, D : acide aspartique
Cette séquence représente le motif de base commun à de nombreuses protéines adhésives qui portent ainsi le nom d'adhésines et sont impliquées dans la liaison à des glycoprotéines de membrane cellulaire formée d'hétérodimères que l'on appelle intégrines.
Dans le domaine de l'hémostase, le fibrinogène, le facteur Willebrand, la fibronectine, la thrombospondine, la vitronectine portent au moins une séquence RGD qui leur permet de se lier à l'intégrine la plus représentée sur la membrane des plaquettes (a2bß3 aussi appelée GPIIb/IIIa).
saturation partielle en IRM l.f.
partial saturation
Séquence IRM la plus simple, actuellement peu utilisée.
La séquence proprement dite comprend une unique impulsion d'excitation de π/2 (90°), génératrice d'un signal de précession libre (FID). Cette impulsion de 90° est répétée plusieurs fois, permettant l'addition de plusieurs signaux, ce qui améliore le rapport signal/bruit.
Le temps entre deux impulsions est appelé temps de répétition TR. Il est choisi de façon que l'aimantation longitudinale n'ait pas récupéré complètement sa valeur initiale avant la survenue de l'impulsion suivante (TR de l'ordre de 500 ms). La valeur de cette récupération de l'aimantation (et donc de l'intensité du signal) est fonction de la valeur du temps de relaxation T1 des tissus : on dit qu'elle est pondérée en T1. Elle dépend également de la concentration rhô des protons dans les tissus (mais celle-ci influence beaucoup moins le contraste de l'image que les différences de T1). Le signal est recueilli un temps très court (de l'ordre de 20 ms) après l'impulsion de 90°.
→ inversion-récupération, saturation-récupération
[B2,B3]
Édit. 2018
saturation sélective des graisses en IRM l.f.
fat saturation (abrégé en fat sat)
Une des technique permettant de supprimer la signal de la graisse en IRM. Elle détruit l'aimantation longitudinale du vecteur Mz par incorporation dans la séquence d'une impulsion sélective, dont la fréquence correspond exactement à la fréquence de résonance de la graisse. La fréquence de résonance des protons de la graisse est légèrement différente de celle des protons de l'eau. Si l'on introduit dans la séquence une impulsion de fréquence égale à celle de résonance de la graisse, on sature l'aimantation longitudinale de celle-ci, qui n'aura pas le temps de repousser avant l'impulsion suivante : le signal de la graisse est ainsi supprimé.
→ déplacement chimique, saturation, suppression de graisse (en IRM), séquence STIR, séquence Dixon
[B2,B3]
Édit. 2018
séquence codante l.f.
coding sequence
Séquence d'un gène ou de son ARN messager qui détermine la séquence polypeptidique de la protéine pour laquelle ils codent.
→ exon, intron, séquence non codante
séquence CUBE™ en IRM l.f.
CUBE séquence
Séquence IRM 3D FSE à pondération T1, T2 ou FLAIR qui utilise un train d’échos élevé, une modération de l’angle de bascule et un nouveau type d’imagerie parallèle appelé ARC (Autocalibrating Reconstruction for Cartesian imaging).
Cette séquence 3D, composée de pixels de très petite taille, permet des reconstructions secondaires dans tous les plans de l’espace et est de plus en plus utilisée en imagerie cérébrale et musculosquelettique.
→ acquisitions parallèles en IRM
[B2,B3]
Édit. 2018
séquence de Shine-Dalgarno l.f.
Shine-Dalgarno’s sequence
Chez les Bactéries, séquence de l'ARNm en amont du codon d'initiation et complémentaire d'une séquence de l'ARNr de la petite sousunité du ribosome.
Elle est le site de fixation du ribosome sur l'ARNm. Elle servirait à placer correctement le ribosome au niveau du codon d'initiation.
J. Shine et Lynn Dalgarno, biochimistes australiens (1975)
→ cadre de lecture, initiation, traduction
séquence d'impulsions en IRM l.f.
pulse sequence
En IRM, succession d'impulsions et de temps morts utilisée pour exciter les moments magnétiques des protons, l'agencement de cette succession conditionnant la dépendance (généralement désignée par le terme pondération) du contraste vis-à-vis des temps de relaxation T1 et T2, ainsi que vis-à-vis de la concentration rhô des protons (densité de protons).
On dira ainsi, selon les cas, que la séquence réalisée est pondérée en T1, en T2 ou en densité de protons (rhô). En écho de spin classique, une séquence permettait d'obtenir une ligne de la matrice. Pour obtenir l'image, il fallait donc la répéter autant de fois que la matrice comprenait de lignes (en général 128 ou 256). Actuellement, les séquences rapides, nettement plus comlpexes, ont considérablement accéléré ce processus.
Syn. cycle d'acquisition
→ écho de spin, écho de gradient, inversion-récupération, saturation partielle, saturation-récupération
[B2,B3]
Édit. 2018
séquence homologue l.f.
homologous sequence
Séquence présentant une homologie partielle ou totale avec une autre séquence.
séquence non codante l.f.
non-coding sequence
Séquence nucléotidique qui n'est pas traduite en séquence polypeptidique, p. ex. les promoteurs, les opérateurs, les terminateurs, les introns, etc..
→ exon, intron, séquence codante, traduction
séquence palindromique l.f.
palindromic sequence
Séquence d'acide nucléique double brin formé par l'association de deux brins complémentaires de séquence identique.
Si l'acide nucléique est unicaténaire et présente successivement deux séquences identiques et complémentaires, il peut former une structure en épingle à cheveux. Ces séquences sont souvent présentes dans les opérateurs, les origines de réplication, les terminateurs de transcription, etc. Elles joueraient un rôle dans la reconnaissance entre une protéine et l'ADN.
séquence recouvrante l.f.
overlapping sequence
Séquence d'ADN obtenue après coupure ou cassure et possédant une région commune avec une autre séquence.