capacité de codage l.f.
coding (capacity of)
Capacité d'une séquence codante à déterminer par sa taille celle de la protéine correspondante.
P. ex., une séquence codante de 1 MDa détermine une protéine de 60 à 70 kDa.
→ brin codant, codage (capacité de)
[Q1]
ciblage d'un gène l.m.
gene targeting
Phénomène par lequel une séquence d'ADN introduite dans une cellule eucaryote reconnaît une séquence homologue appartenant au génome cellulaire et se recombine avec elle : il aboutit à une conversion génique.
[Q1,A2]
codoc n.m.
codoc
Ensemble de trois nucléotides consécutifs de la séquence d'un acide désoxyribonucléique portant l'information génétique, qui permet l'incorporation d'un acide aminé dans la séquence primaire d'une protéine.
Le codoc est transcrit en un codon, triplet complémentaire, sur un ARN messager (ARNm).
[Q1]
codon n .m.
codon
Ensemble de trois nucléotides consécutifs de la séquence d'un acide nucléique portant l'information génétique, qui permet l'incorporation d'un acide aminé dans la séquence primaire d'une protéine.
Le codon est défini sur un ARN messager (ARNm). Sur un ribosome, il s'apparie à un triplet correspondant complémentaire porté par un ARN de transfert (ARNt), appelé anticodon. Il provient de la transcription d'un triplet correspondant complémentaire porté par un ADN, appelé codoc.
Avec les 4 bases AUGC il existe 64 codons différents ; 61 d'entre eux correspondent à des ARNt d'acides aminés déterminés, et 3 non : ils sont appelés « codons stop » ou « codons non-sens », ils déterminent la fin de la traduction d'une chaine peptidique ; ce sont les codons UAA (appelé aussi codon ocre), UAG (appelé aussi codon ambre), UGA (appelé aussi codon opale). Le codon AUG qui code pour une méthionine est appelé « codon d'initiation », car il signale le début du message génétique et le démarrage de la traduction.
Étym. lat. codex ; terminaison –on par uniformisation de termes utilisés en génétique tels qu’intron, exon
Syn. triplet
[Q1]
Édit. 2017
disruption génique l.f.
gene disruption
Interruption de la séquence codante d'un gène par introduction d'une autre séquence d'ADN.
effet cis l.m.
cis effect
Chez les bactéries, effet d’une séquence d’ADN sur une autre séquence d’ADN contigüe sans l’intermédiaire d’une protéine diffusible.
Ex.action d’un promoteur sur l’expression d’un gène adjacent.
[Q1]
Édit. 2018
élément nucléaire dispersé court l.m.
short interspersed nuclear element (SINE), short interspersed repeat, short interspersed repeat element
Séquence répétée issue de la multiplication d’un transposon des eucaryotes comprenant entre 100 et 300 paires de bases présentes en grand nombre de copies dans le génome.
L’élément emblématique de la famille est la séquence Alu, présent en plus de 500 000 copies dans le génome humain.
→ rétrotransposon, paire de bases, transposon
[Q1]
Édit. 2019
extrémité cohésive l.f.
cohesive end, sticky end
Séquence monofilaire située à l'extrémité d'un ADN double-brin, complémentaire d'une autre séquence située sur l'autre brin et permettant leur appariement.
Syn. bout collant
→ cosmide, extrémité « cos », extrémité franche, plasmide
[Q1]
Édit. 2020
génomique n.f.
genomics
Science des génomes, regroupant un ensemble d'analyses qui vont de l'établissement de cartes du génome (cartographie) au séquençage des molécules d'ADN, de l'identification de nouveaux gènes, à l'étude de leurs fonctions.
L’essor de la génomique est dû en grande partie au développement d’autres sciences « omiques » (comme la transcriptomique, la protéomique, etc).Le projet de cartographie du génome humain a été lancé début 1985 et le programme entrepris en 1990, afin d'établir le séquençage complet de l'ADN du génome humain. Ce projet est le résultat d'une coopération scientifique internationale de grande ampleur s'étalant sur près de quinze ans. Son achèvement a été annoncé le 14 avril 2003. Les 3 milliards de paires de bases du génome humain sont distribués en 23 paires de chromosomes, qui portent 20 000 à 25 000 gènes (environ 20500 homologués). Sans le développement des sciences « omiques » le programme n’aurait pu être achevé aussi rapidement. Des logiciels spécialisés permettent de classer les gènes en fonction des homologies (ressemblances) de leurs séquences et donc de leurs fonctions. La séquence de l'ADN humain est stockée dans des bases de données en libre accès sur Internet (Genbank).
Ces connaissances sont importantes pour la recherche fondamentale effectuée dans le domaine public mais les enjeux économiques sont tout aussi importants. L'industrie pharmaceutique espère beaucoup des développements en matière de diagnostic ou de thérapie, basés sur les données du génome. Ceci soulève le problème de l'appropriation de certaines parties de l'information génétique de l'Homme. Le séquençage du génome pose en effet la question de la brevetabilité du vivant. L'UNESCO a déclaré le 11 novembre 1997 que le génome humain est partie intégrante du patrimoine de l'humanité, et ne saurait donc être la propriété de quiconque. Une séquence d'ADN en tant que telle ne peut pas être brevetée. Toutefois un procédé diagnostique ou thérapeutique utilisant un ou des gènes humains peut l'être.
Le projet du génome humain a été le point de départ de divers autres projets dans le but d'une amélioration de la santé publique : projet génome Estonie, projet CARTaGENE, en 2012 projet britannique 100 000 génomes, en 2013 projet génome Qatar, en février 2016 projet 100 000 génomes asiatiques du consortium GenomeAsia 100K, en juin 2016 projet de synthèse du génome humain, encore plus ambitieux qui consiste cette fois, non plus à lire ou à décrypter le génome mais à le construire, nécessitant d'assembler par voie chimique tous les fragments (les nucléotides) qui le constituent.
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Étym. gr. genos : origine, descendance ; sanscrit ome : complétude, plénitudegr
Réf. « Finishing the euchromatic sequence of the human genome » - Nature 2004; 431:931-945
→ omiques (sciences), gène, génome, chromosome
[A4,C3,F1,H1,I4,O6,Q1,Q2,Q3,Q4]
Édit. 2018
héparine n.f.
heparin
Substance anticoagulante existant particulièrement dans le foie, le poumon, les muscles et aussi dans tous les tissus à très faibles concentrations.
C’est un polyoside sulfaté formé par un enchaînement de restes alternés de glucosamines N-sulfatées et d'acides uroniques, avec l’alternance de l'acide glucuronique et de l’acide L-iduronique, et un nombre élevé de radicaux sulfuryle. Biosynthétisé par les mastocytes dans lesquels il se trouve, ainsi que dans les polynucléaires basophiles, sous forme macromoléculaire, ce glycane est hydrosoluble et très acide. Son activité biologique est neutralisée par les protéines basiques telles que les protamines. L'héparine est capable de mobiliser des enzymes attachés aux parois vasculaires, tels que la lipoprotéine lipase, la lipase hépatique et la phospholipase A1. L’héparine est utilisée comme anticoagulant pour son activité potentialisatrice de l'antithrombine due à une séquence très spécifique de cinq dérivés (séquence pentasaccharidique).
Les préparations commerciales utilisées en thérapeutique, sont extraites soit des poumons de Bœuf (Amérique du Nord), soit de la muqueuse intestinale du Porc (Asie). De cet extrait hétérogène, on sépare des glycosaminoglycanes (mucopolysaccharides) de masse moléculaire comprise entre 3 000 et 50 000 Da, formées de longues chaînes polyosidiques diversement sulfatées, constituées par la répétition de séquences disaccharidiques. Différents radicaux anioniques fixés sur ces hexoses font de l'héparine un acide fort, chargé négativement, donc capable de se lier facilement aux cations Ca2+, K+, Na+, Mg2+ et aux molécules biochimiques (albumine, fibrine, etc.) ou médicinales cationiques.
Les méthodes d'extraction, de solubilisation et de purification de l'héparine commerciale permettent de séparer les héparines de basse masse moléculaire (HBPM, moyenne 8 000 Da) de celles à haute masse moléculaire (héparine standard non fractionnée, moyenne 20 000 Da). Les HBPM, dont la pharmacocinétique est beaucoup plus favorable (biodisponibilité, durée de vie) et qui ont moins d'effets secondaires (thrombopénie), sont préférées en thérapeutique tant pour la prévention que pour les traitements des affections ou maladies thrombotiques, en particulier veineuses.
L'activité anticoagulante de l'héparine dépend essentiellement :
- du degré de polymérisation (un niveau minimal est nécessaire),
- du degré de sulfatation de chaque chaîne et de la localisation des groupements N-sulfates,
- de l'affinité des chaînes polyolosiques à se fixer sur l'antithrombine-III ce qui requiert une structure pentasaccharidique minimale.
L’héparine non fractionnée combine une activité anti-IIa et une activité anti-Xa équivalentes. Elle est injectée par voie veineuse. Sa présentation forme d’héparinate de calcium est utilisée en sous-cutanée.
Les HBPM ont une activité anti-Xa prédominante sur l’activité anti-IIa dans un rapport variable de deux à quatre en fonction des molécules. Elles sont injectées par voie sous-cutanée.
L’héparine est indiquée dans le traitement curatif des thromboses veineuses profondes, des embolies pulmonaires, des infarctus du myocarde, des angors instables et des embolies artérielles extra-cérébrales ; dans le traitement préventif des accidents thromboemboliques veineux et/ou artériels en milieu chirurgical y compris en chirurgie vasculaire artérielle, en cas d’affection médicale aigüe, en cas de cardiopathie emboligène, et dans l’anticoagulation des circuits de circulation extracorporelle et d’épuration extra-rénale.
Sa forme utilisable par voie veineuse est également indiquée en traitement curatif de certains cas de coagulopathie.
L’héparine n’exerce par elle-même aucune action fibrinolytique.
Etant donné sa charge électrique et l'importance de sa masse moléculaire, l'héparine ne traverse ni les séreuses (plèvre, péritoine, méninges), ni la barrière placentaire. De même, elle ne passe pas dans le lait maternel et ne peut pas être absorbée par le tube digestif.
L'héparine est neutralisée par la protamine (polypeptide extrait de la laitance de certains poissons)
Le traitement par HBPM peut être surveillé par l’activité anti-Xa (mesure du pic d’activité de trois à quatre heures après l’injection sous-cutanée).
J. McLean, étudiant en médecine américain, découvrit l’héparine en 1916
Étym. gr. hêpar : foie (parce qu’on a d’abord extrait l’héparine du foie)
→ anticoagulant (médicament), antithrombine III
[F4]
Édit. 2015
homologue adj.
homologous
Se dit d'entités analogues semblables par leur fonction, par leur structure ou par leur origine.
P. ex., deux protéines sont dites homologues lorsqu'elles présentent un degré élevé de simili
Étym. gr. homologos : semblable
hybridation sur colonie l.f.
colony hybridation, Grunsrein-Hogness’procedure
Hybridation in situ qui permet l’identification des clones bactériens possédant une séquence d’ADN d’intérêt.
L’hybridation sur colonie se fait à l’aide d’une sonde d’ADN complémentaire de la séquence d’intérêt.
[Q1]
Édit. 2018
isoforme n.f. et adj.
isoform
Forme différente d’une molécule, en particulier d’une protéine produite à partir d’un gène.
- Elle peut être liée lors de la transcription d’un gène à l’adjonction ou à la suppression d’une séquence. Ces modifications sont dues le plus souvent à un épissage alternatif qui ajoute ou supprime la transcription d’un ou de plusieurs exons dans la séquence du gène. Ces protéines isoformes sont différentes dans leur constitution et leur fonction des autres protéines codées par le même gène de sorte que le nombre de protéines produites par le génome est très supérieur au nombre des gènes.
- Elle peut aussi correspondre à une molécule de structure comparable ou très voisine, de fonction identique ou peu différente produite par traduction d’un gène d’un autre site du même chromosome ou d’un chromosome différent.
Étym. gr. isos : pareil, comparable ; lat. forma : forme
→ épissage, exon, transcription, traduction
multi-échos (séquence IRM) l.f.
multiecho (sequence)
En IRM, séquence d'écho de spin dans laquelle un grand nombre d'échos est généré après une impulsion de radiofréquence de 90°.
Dans les séquences classiques d’écho de spin on utilise après une impulsion de 90° seulement 2 ou 3 échos provoqués par 2 ou 3 impulsions de 180°. En écho de spin rapide, chaque impulsion de 90° est suivie d'une série d'impulsions de 180° permettant d'obtenir un train d'échos successifs rapprochés (séquence multi-échos).
Étym. lat. multum : nombreux ; echo : bruit rapporté
[B2,B3]
Édit. 2018
mutagénèse in vitro l.f.
in vitro mutagenesis
Mutagénèse pratiquée sur une séquence d'ADN isolée par clonage ; elle peut avoir lieu en traitant directement l'ADN par un mutagène.
On peut procéder à des mutagénèses in vitro de différentes façons, p. par exemple en délétant le gène cloné par une exonucléase ou par une endonucléase de restriction (mutagénèse par délétion), en insérant une séquence d'ADN à l'intérieur du gène (mutagénèse par insertion), etc.
Étym. lat. mutare : changer, déplacer ; gr. genesis : formation
polylieur n.m.
polylinker
En génétique moléculaire, séquence oligonucléotidique synthétique bicaténaire, possédant plusieurs sites de restriction, qu'on ajoute in vitro à une séquence d'ADN.
On l'appelle plus souvent un lieur multisite.
Syn. séquence de liaison
profilage ribosomique n.m
ribosome profiling
Technique permettant de suivre la position des ribosomes sur les ARN messagers (ARNm) à un moment donné pendant la traduction.
La synthèse des protéines est assurée par les ribosomes, complexes composés de protéines et d’ARN ribosomaux qui reconnaissent les ARNm et les traduisent. La technique de profilage ribosomique repose sur le fait que l’ARNm lié au ribosome est protégé de la digestion enzymatique. En comparant la séquence de départ à la séquence digérée à un moment donné, il est possible d’étudier la traduction de l’ensemble des ARN messagers de la cellule. Le profilage ribosomique est utile pour analyser les mécanismes de contrôle de la traduction mis en place dans la cellule pour répondre aux infections virales. Dans ce cas, en effet, les virus qui sont dépourvus de ribosomes utilisent ceux de la cellule hôte pour traduire leurs ARNm.
réplicon de base l.m.
basic replicon
Dans un plasmide, séquence minimale indispensable à sa réplication.
Cette séquence comprend une ou plusieurs origines de réplication et parfois les gènes de structure de protéines nécessaires à la réplication.
→ minichromosome, miniréplicon, plasmide
rétinoblastome-like 2 et like 1 l.m.
retinoblastoma-like 1 and 2
Gène humain, RBL2, conforme au gène du rétinoblastome mais situé sur une autre région en 16q12.2 et non en 13q14.12-14.2 (gène du rétinoblastome).
A partir d'une séquence de la protéine E1A, qui fait une liaison étroite avec la séquence du gène du rétinoblastome (protéine homologue ou similaire), Mayol a cloné un gène humain, RBL2, en un autre site. Des délétions en 16q ont été trouvées dans plusieurs cancers humains (poumon, ovaires, foie, prostate) ce qui laisse entendre que ce gène a une action anti-oncogène. Une technique un peu différente a été utilisée pour identifier le RBL1 ou CP107, dont le locus est en 20q11.2 et qui est un homologue du gène du rétinoblastome et intervient dans le contrôle de la croissance et de la régulation cellulaire. Affection à hérédité indéterminée (MIM 180203).
M. E. Ewen, bio-oncologue américain (1991) ; X. Mayol, biologiste espagnol en activités aux États-Unis (1993)
RGD séquence l. f. sigle d'après la nomenclature des acides aminés pour R : arginine, G : glycine, D : acide aspartique
Cette séquence représente le motif de base commun à de nombreuses protéines adhésives qui portent ainsi le nom d'adhésines et sont impliquées dans la liaison à des glycoprotéines de membrane cellulaire formée d'hétérodimères que l'on appelle intégrines.
Dans le domaine de l'hémostase, le fibrinogène, le facteur Willebrand, la fibronectine, la thrombospondine, la vitronectine portent au moins une séquence RGD qui leur permet de se lier à l'intégrine la plus représentée sur la membrane des plaquettes (a2bß3 aussi appelée GPIIb/IIIa).
séquence codante l.f.
coding sequence
Séquence d'un gène ou de son ARN messager qui détermine la séquence polypeptidique de la protéine pour laquelle ils codent.
→ exon, intron, séquence non codante
séquence CUBE™ en IRM l.f.
CUBE séquence
Séquence IRM 3D FSE à pondération T1, T2 ou FLAIR qui utilise un train d’échos élevé, une modération de l’angle de bascule et un nouveau type d’imagerie parallèle appelé ARC (Autocalibrating Reconstruction for Cartesian imaging).
Cette séquence 3D, composée de pixels de très petite taille, permet des reconstructions secondaires dans tous les plans de l’espace et est de plus en plus utilisée en imagerie cérébrale et musculosquelettique.
→ acquisitions parallèles en IRM
[B2,B3]
Édit. 2018
séquence de Shine-Dalgarno l.f.
Shine-Dalgarno’s sequence
Chez les Bactéries, séquence de l'ARNm en amont du codon d'initiation et complémentaire d'une séquence de l'ARNr de la petite sousunité du ribosome.
Elle est le site de fixation du ribosome sur l'ARNm. Elle servirait à placer correctement le ribosome au niveau du codon d'initiation.
J. Shine et Lynn Dalgarno, biochimistes australiens (1975)
→ cadre de lecture, initiation, traduction
séquence d'impulsions en IRM l.f.
pulse sequence
En IRM, succession d'impulsions et de temps morts utilisée pour exciter les moments magnétiques des protons, l'agencement de cette succession conditionnant la dépendance (généralement désignée par le terme pondération) du contraste vis-à-vis des temps de relaxation T1 et T2, ainsi que vis-à-vis de la concentration rhô des protons (densité de protons).
On dira ainsi, selon les cas, que la séquence réalisée est pondérée en T1, en T2 ou en densité de protons (rhô). En écho de spin classique, une séquence permettait d'obtenir une ligne de la matrice. Pour obtenir l'image, il fallait donc la répéter autant de fois que la matrice comprenait de lignes (en général 128 ou 256). Actuellement, les séquences rapides, nettement plus comlpexes, ont considérablement accéléré ce processus.
Syn. cycle d'acquisition
→ écho de spin, écho de gradient, inversion-récupération, saturation partielle, saturation-récupération
[B2,B3]
Édit. 2018
séquence homologue l.f.
homologous sequence
Séquence présentant une homologie partielle ou totale avec une autre séquence.