suppression de graisse en IRM l.f.
fat saturation (abrégé en fat sat, ou FS)
En IRM, suppression du signal de la graisse.
En écho de spin T1, l’eau apparait en hyposignal et la graisse en hypersignal alors qu’en T2 écho de spin rapide, l’eau (œdème) est en hypersignal et la graisse en hypersignal, comme en T1. En écho de spin rapide, séquence très utilisée actuellement, le diagnostic différentiel entre eau et graisse en T2 toutes deux en hypersignal (blanches) implique donc une comparaison entre l’image T1 et l’image T2. D’où l’idée de supprimer le signal de la graisse en T2 écho de spin rapide de façon à ce que les seules structures qui demeurent en hypersignal soient les structures riches en eau.
Plusieurs techniques permettent cette suppression : méthode de saturation sélective de la graisse, séquence STIR, séquence Dixon, SPECtral Inversion At Lipids (SPECIAL), etc…
→ séquence STIR (en IRM), Dixon (méthode de),
[B2,B3]
Édit. 2018
temps utile en IRM l.m.
useful time
Dans une séquence d'IRM, temps nécessaire pour recueillir les différents échos de cette séquence.
Si la séquence ne comprend qu'un écho, le temps utile Tu est égal au temps d'écho TE. Si elle comprend plusieurs échos, il est égal à TE que multiplie le nombre d'échos (par ex. Tu = 2 TE ou = 3 TE). Le temps utile est très court par rapport au temps de cycle ou temps de répétition TR, qui est la somme du temps utile Tu et du temps de repos Tr
(TR = Tu + Tr).
→ technique multicoupes, temps de repos, temps de répétition (TR)
[B2,B3]
Édit. 2018
terminateur de transcription l.m.
transcription terminator
Chez les Bactéries, séquence d'ADN en amont de la séquence codante d'un gène et reconnue par l'ARN polymérase comme un signal d'arrêt de la transcription.
Généralement, cette séquence est constituée par une répétition inversée suivie parfois d'un court segment de polyA (polyadénylique).
TRICKS (séquence IRM) sigle angl pour Time Resolved In Contrats Kinetics
(Elliptic Centric)
Séquence IRM en écho de gradient rapide pondérée T1 avec une résolution temporelle très élevée.
La dénomination est propre à la compagnie General Electric MS, mais d’autres marques possèdent des séquences similaires : TWIST (Siemens), 4D-TRACK (Philips)….. Cette séquence dynamique, destinée à explorer le système vasculaire, implique une injection IV de produit de contraste gadoliné. Un masque fournit des images soustraites de type angiographique. Une dizaine de séries d’images MIP, produites automatiquement, simulent une angiographie (d’où le nom de ARM-DSA (digital substraction angiography). Cette séquence dynamique sert essentiellement à étudier la vascularisation cranio-encéphalique, celles des tumeurs….
[B2,B3]
Édit. 2018
empreinte génétique l.f.
genetic fingerprint, DNA profiling
Ensemble de caractéristiques spécifiques du génome d’un individu permettant son identification à partir de son acide désoxyribonucléique (ADN).
Dans chacune des espèces la séquence de l’ADN des individus qui la compose est très proche mais pas identique. Des variations ponctuelles de la séquence sont observées environ toutes les 200 paires de bases (il y a 6 milliards de paires de bases dans un génome humain). Un nombre variable de répétitions de régions plus ou moins longues (quelques dizaines à quelques dizaines de milliers de paires de bases) sont trouvées tous les 1.000 à 5.000 paires de bases dans tout le génome. Toutes ces variations sont appelées polymorphismes. Il y en a des millions dans le génome. De ce fait, sauf pour les vrais jumeaux, deux individus présentent obligatoirement une palette de polymorphismes très différente. L’analyse de la séquence de l’ADN (et même d’une toute petite partie du génome) permettra donc d’identifier un individu parmi toute la population mondiale puisque personne d’autre ne peut posséder une palette de variations de séquences identique à celle mise en évidence.
L’analyse des empreintes génétiques est un outil de plus en plus utilisé en médecine légale pour identifier les individus ou faire une recherche de paternité. L’analyse des empreintes génétiques est très utilisée aussi en bactériologie pour reconstituer l’histoire de maladies nosocomiales ou d’une épidémie ou dans l’agroalimentaire pour trouver l’origine d’une viande, d’un foie gras, etc. Cela est possible parce que le génome de tous les êtres vivants est constitué d’ADN et possède des polymorphismes.
→ génome, acide désoxyribonucléique, paires de bases
[Q1]
Édit. 2020
acide désoxyribonucléique (ADN) l.m.
deoxyribonucleic acid
Acide nucléique présent dans les noyaux et les mitochondries de toutes les cellules vivantes et renfermant l'ensemble des informations génétiques de l'individu, nécessaires au développement et au fonctionnement d'un organisme.
Il est composé de deux chaînes de nucléotides dans lesquels le sucre est le désoxyribose et les bases l’adénine, la cytosine, la guanine et la thymine dont la séquence détermine le code génétique. Les deux chaînes s’enroulent l’une autour de l’autre pour former une double hélice ; elles s’attachent l’une à l’autre par des liaisons hydrogène entre deux bases complémentaires (adénine-thymine ou cytosine-guanine).
La molécule d'ADN est caractérisée par l’ordre de ses bases azotées. Il s'agit d'un langage codé en "séquence de bases". On dit ainsi que l'ADN est le support de l'information génétique, car il est comme un livre, un plan architectural du vivant, qui oriente, qui dicte la construction des principaux constituants et bâtisseurs cellulaires que sont les ARN qu'ils soient directement fonctionnels (ARN ribosomiques dont certains ont une activité enzymatique, ARN de transferts, miRNA et autres) ou qu'ils codent la Synthèse de protéines (chaînes polypeptidiques).
L’ADN joue un rôle clé dans les caractéristiques héréditaires de la plupart des organismes vivants en apportant l’information génétique nécessaire à la synthèse des protéines dans les cellules. La division cellulaire s’accompagne d’une réplication de l’ADN en deux brins identiques à la molécule d’origine.
F. Miescher, médecin suisse, première identification (1869) ; F. Crick, médecin britannique et J. Watson, médecin américain, tous les deux prix Nobel de médecine en 1962 (1953)
[C1, C3, Q1]
Édit. 2020
adhésiotope n.m.
adhesiotope
Domaine superficiel d'une macromolécule, telle qu'une protéine ou une glycoprotéine, susceptible d'adhérer à un domaine complémentaire d'une autre molécule et responsable de son adhésion, par ex. à une membrane, ou de l'interhésion entre deux membranes.
C'est le cas des molécules du tissu conjonctif (adhésines ou cadhérines), qui permettent l'adhésion des plaquettes sanguines. Un domaine peut être séquentiel, ou plus souvent, constitué de plusieurs chaînes peptidiques, glucidiques ou autres. Une séquence peptidique Arg-Gly-Asp, (séquence RGD) est connue comme un épitope d'adhésion grâce à son dipôle cationique et anionique permettant des liaisons électrovalentielles réciproques.
[C1,C3,F4]
Édit. 2017
ADN étranger l.m.
foreign DNA
Séquence d'ADN recombiné in vitro à la séquence d'un vecteur.
[C1,C3,Q1]
Édit. 2017
adressage n.m.
addressing
Transport intracellulaire de protéines de leur site de synthèse à leur site de destination.
Par ex. les protéines synthétisées dans le réticulum endoplasmique, destinées à être exportées au niveau des membranes plasmiques sont d'abord acheminées dans l'appareil de Golgi grâce à une séquence peptidique spécifique, la séquence signal.
Les récepteurs de molécules à internaliser sont aussi porteurs de séquences spécifiques permettant leur cheminement intracellulaire vers les lysosomes : le motif tyrosine et le motif dileucine sont communs à plusieurs types de récepteurs. Un facteur cytosolique a été reconnu essentiel à la fusion entre les membranes intercellulaires, le NSF (N-ethylmaleimide sensitive fusion factor) qui interagit avec des protéines solubles, les SNAPs (soluble NSF attachment proteins). Des protéines synaptiques, comme la synaptobrévine, la syntaxine, la SNAP-25 et la Munc-18, ont été décrites comme participant à l'ancrage et à la fusion des membranes au niveau des synapses.
[C2,C3]
Édit. 2017
analyse d'hétéroduple l.f.
heteroduplex analysis, heteroduplex tracking
Ensemble des méthodes de détection des variants de séquence d’ADN faisant appel au repérage de mésappariements (dus à des différences de séquence) entre un ADN de référence et l’ADN testé.
→ ADN, heteroduplex, mutation, paire de bases
[Q1]
Édit. 2019
annotation structurale du génome l.f.
structural annotation
Opération consistant en l’analyse de la séquence d’un génome, afin d’identifier et de localiser ses séquences remarquables (gènes, séquence régulatrices, etc).
L’annotation structurale exploite les homologies (ressemblances) entre des motifs d’ADN pour reconnaître des séquences conservées et donc potentiellement fonctionnelles. Cette analyse permet d’identifier des séquences codantes, des motifs régulateurs, des séquences répétées (transposons, microsatellites, minisatellites, virus intégrés dans le génome, etc).
Syn. annotation syntaxique
→ génomique structurale, génome, ADN, transposon, séquence codante
[Q1]
Édit. 2019
capacité de codage l.f.
coding (capacity of)
Capacité d'une séquence codante à déterminer par sa taille celle de la protéine correspondante.
P. ex., une séquence codante de 1 MDa détermine une protéine de 60 à 70 kDa.
→ brin codant, codage (capacité de)
[Q1]
ciblage d'un gène l.m.
gene targeting
Phénomène par lequel une séquence d'ADN introduite dans une cellule eucaryote reconnaît une séquence homologue appartenant au génome cellulaire et se recombine avec elle : il aboutit à une conversion génique.
[Q1,A2]
codoc n.m.
codoc
Ensemble de trois nucléotides consécutifs de la séquence d'un acide désoxyribonucléique portant l'information génétique, qui permet l'incorporation d'un acide aminé dans la séquence primaire d'une protéine.
Le codoc est transcrit en un codon, triplet complémentaire, sur un ARN messager (ARNm).
[Q1]
codon n .m.
codon
Ensemble de trois nucléotides consécutifs de la séquence d'un acide nucléique portant l'information génétique, qui permet l'incorporation d'un acide aminé dans la séquence primaire d'une protéine.
Le codon est défini sur un ARN messager (ARNm). Sur un ribosome, il s'apparie à un triplet correspondant complémentaire porté par un ARN de transfert (ARNt), appelé anticodon. Il provient de la transcription d'un triplet correspondant complémentaire porté par un ADN, appelé codoc.
Avec les 4 bases AUGC il existe 64 codons différents ; 61 d'entre eux correspondent à des ARNt d'acides aminés déterminés, et 3 non : ils sont appelés « codons stop » ou « codons non-sens », ils déterminent la fin de la traduction d'une chaine peptidique ; ce sont les codons UAA (appelé aussi codon ocre), UAG (appelé aussi codon ambre), UGA (appelé aussi codon opale). Le codon AUG qui code pour une méthionine est appelé « codon d'initiation », car il signale le début du message génétique et le démarrage de la traduction.
Étym. lat. codex ; terminaison –on par uniformisation de termes utilisés en génétique tels qu’intron, exon
Syn. triplet
[Q1]
Édit. 2017
disruption génique l.f.
gene disruption
Interruption de la séquence codante d'un gène par introduction d'une autre séquence d'ADN.
Dixon (séquence IRM) l.f.
Dixon sequence
En IRM, séquence exploitant le déplacement chimique entre eau et graisse pour effacer le signal de l'un ou l'autre de ces tissus.
Les fréquences de résonance des protons de l'eau et de la graisse sont légèrement différentes de sorte que ces deux tissus sont périodiquement déphasés l'un par rapport à l'autre (toutes les 2,4 ms à 1,5 T). La séquence Dixon consiste à faire deux acquisitions en écho de spin : la première, classique, pour laquelle les protons de l'eau et de la graisse sont en phase ; la deuxième dans laquelle l'impulsion de 180° est légèrement décalée de façon à ce que le maximum du signal survienne 2,4 ms plus tôt. On obtient ainsi un deuxième signal pour lequel les protons de l'eau et de la graisse sont déphasés. Par addition des deux signaux, on ne visualise que celui de l'eau ; par soustraction, on efface le signal de l'eau au profit de celui de la graisse
W.T. Dixon, médecin radiologiste américain (1984).
Syn. méthode Dixon, imagerie de l'eau (en IRM)
[B2,B3]
Édit. 2018
domaine n.m.
domain
1) En biochimie des protéines, partie de la macromolécule dont la structure est associée à une fonction déterminée.
Une protéine peut comporter plusieurs domaines plus ou moins autonomisés, p. ex. un domaine lipophile permettant sa liaison à des lipides ou à des membranes, un domaine récepteur de ligands, un domaine d'activité enzymatique.
Des protéines différentes peuvent avoir des domaines ayant un degré élevé d'homologie, leur conférant une propriété commune : c'est le cas du domaine SH2 (qui contient environ 100 acides aminés), défini comme un domaine d'homologie avec la région 2 de la protéine Src, qui a la propriété de se lier à des phosphotyrosines et d'avoir une activité de tyrosine-kinase, modulant par phosphorylation et déphosphorylation les récepteurs aux facteurs de croissance et servant à la transmission du signal ; de nombreuses protéines qui contiennent un domaine SH2 contiennent aussi un domaine SH3 responsable de la liaison avec le cytosquelette. Par extension, on définit aussi des domaines dans la séquence des acides nucléiques. P. ex., un gène peut comporter un domaine variant ou un domaine invariant selon le degré de conservation de la séquence nucléotidique.
2) En immunologie, région d'homologie des molécules d'immunoglobulines et d'autres molécules de la superfamille des immunoglobulines, stabilisée par un pont disulfure intrachaîne.
Chaque domaine de forme ovoïde est constitué d’environ une centaine d’acides aminés.
écho de gradient rapide avec gradient rephaseur l.m.
steady state coherent gradient echo
Groupe de séquences d'écho de gradient rapide dans lesquelles, au lieu de détruire l'aimantation transversale résiduelle, on la renforce par l'application en fin de cycle d'un gradient rephaseur appelé rewinder.
Ces séquences portent des noms différents suivant les constructeurs (FISP, GRASS, FFE, FAST etc.). Elles fournissent, à condition que l'angle de bascule soit suffisant (>30°), un signal composé de deux échos superposés : l'un produit par la bascule de l'aimantation longitudinale donc pondéré en T1 ; l'autre produit par l'aimantation transversale et pondéré en T2*. Le contraste de l'image est complexe et la différenciation tissulaire faible. Mais les tissus à T2* très long, donc les liquides (eau, œdème etc.) auront leur signal renforcé par cette séquence, avec laquelle celui-ci apparaîtra hyperintense. Une variante de ces séquences (true FISP) permet de rendre la séquence moins sensible aux artéfacts de mouvements, donc de renforcer le signal des liquides en mouvement ; d'où son utilisation en angiographie par RM.
[B2, B3]
Édit. 2019
effet cis l.m.
cis effect
Chez les bactéries, effet d’une séquence d’ADN sur une autre séquence d’ADN contigüe sans l’intermédiaire d’une protéine diffusible.
Ex.action d’un promoteur sur l’expression d’un gène adjacent.
[Q1]
Édit. 2018
élément nucléaire dispersé court l.m.
short interspersed nuclear element (SINE), short interspersed repeat, short interspersed repeat element
Séquence répétée issue de la multiplication d’un transposon des eucaryotes comprenant entre 100 et 300 paires de bases présentes en grand nombre de copies dans le génome.
L’élément emblématique de la famille est la séquence Alu, présent en plus de 500 000 copies dans le génome humain.
→ rétrotransposon, paire de bases, transposon
[Q1]
Édit. 2019
Ernst (angle de) l.m.
En IRM, valeur optimale de l'angle de bascule du vecteur d'aimantation des protons en fonction de TR et du T1 des tissus
Lorsque le TR est long par rapport au T1 du tissu examiné (séquence d'écho de spin), après l'impulsion de radiofréquence de 90°, l'aimantation longitudinale , devenue nulle, a le temps de repousser complètement avant l'impulsion suivante ; l'angle de bascule de 90° permet d'obtenir le signal maximum.
Lorsque le TR est court par rapport au T1 du tissu (séquence d'écho de gradient), après une impulsion de π/2, n'a pas le temps de repousser complètement avant l'impulsion suivante et le signal est faible.
Pour permettre d'atteindre un signal maximal, l'angle de bascule, inférieur à 90°, doit être d'une valeur optimale (angle de Ernst) qui correspond à une aimantation résiduelle après bascule de , telle que la repousse de aura le temps d'être complète. Par exemple, pour un tissu dont T1 = 500 ms (substance blanche), si TR = 2500 ms (écho de spin), l'angle de bascule sera de 90°; mais si TR n'est plus que de 100 ms, la valeur optimale de l'angle n'est plus que de 35°. C'est ce qui permet de diminuer le temps d'acquisition en réduisant le TR dans les séquences d'écho de gradient (réduction de TR par suppression de l'impulsion de 180°).
R. R. Ernst, physicochimiste suisse, prix Nobel de chimie en 1991 (1966)
[B2,B3]
Édit. 2018
extrémité cohésive l.f.
cohesive end, sticky end
Séquence monofilaire située à l'extrémité d'un ADN double-brin, complémentaire d'une autre séquence située sur l'autre brin et permettant leur appariement.
Syn. bout collant
→ cosmide, extrémité « cos », extrémité franche, plasmide
[Q1]
Édit. 2020
génomique n.f.
genomics
Science des génomes, regroupant un ensemble d'analyses qui vont de l'établissement de cartes du génome (cartographie) au séquençage des molécules d'ADN, de l'identification de nouveaux gènes, à l'étude de leurs fonctions.
L’essor de la génomique est dû en grande partie au développement d’autres sciences « omiques » (comme la transcriptomique, la protéomique, etc).Le projet de cartographie du génome humain a été lancé début 1985 et le programme entrepris en 1990, afin d'établir le séquençage complet de l'ADN du génome humain. Ce projet est le résultat d'une coopération scientifique internationale de grande ampleur s'étalant sur près de quinze ans. Son achèvement a été annoncé le 14 avril 2003. Les 3 milliards de paires de bases du génome humain sont distribués en 23 paires de chromosomes, qui portent 20 000 à 25 000 gènes (environ 20500 homologués). Sans le développement des sciences « omiques » le programme n’aurait pu être achevé aussi rapidement. Des logiciels spécialisés permettent de classer les gènes en fonction des homologies (ressemblances) de leurs séquences et donc de leurs fonctions. La séquence de l'ADN humain est stockée dans des bases de données en libre accès sur Internet (Genbank).
Ces connaissances sont importantes pour la recherche fondamentale effectuée dans le domaine public mais les enjeux économiques sont tout aussi importants. L'industrie pharmaceutique espère beaucoup des développements en matière de diagnostic ou de thérapie, basés sur les données du génome. Ceci soulève le problème de l'appropriation de certaines parties de l'information génétique de l'Homme. Le séquençage du génome pose en effet la question de la brevetabilité du vivant. L'UNESCO a déclaré le 11 novembre 1997 que le génome humain est partie intégrante du patrimoine de l'humanité, et ne saurait donc être la propriété de quiconque. Une séquence d'ADN en tant que telle ne peut pas être brevetée. Toutefois un procédé diagnostique ou thérapeutique utilisant un ou des gènes humains peut l'être.
Le projet du génome humain a été le point de départ de divers autres projets dans le but d'une amélioration de la santé publique : projet génome Estonie, projet CARTaGENE, en 2012 projet britannique 100 000 génomes, en 2013 projet génome Qatar, en février 2016 projet 100 000 génomes asiatiques du consortium GenomeAsia 100K, en juin 2016 projet de synthèse du génome humain, encore plus ambitieux qui consiste cette fois, non plus à lire ou à décrypter le génome mais à le construire, nécessitant d'assembler par voie chimique tous les fragments (les nucléotides) qui le constituent.
.
Étym. gr. genos : origine, descendance ; sanscrit ome : complétude, plénitudegr
Réf. « Finishing the euchromatic sequence of the human genome » - Nature 2004; 431:931-945
→ omiques (sciences), gène, génome, chromosome
[A4,C3,F1,H1,I4,O6,Q1,Q2,Q3,Q4]
Édit. 2018
héparine n.f.
heparin
Substance anticoagulante existant particulièrement dans le foie, le poumon, les muscles et aussi dans tous les tissus à très faibles concentrations.
C’est un polyoside sulfaté formé par un enchaînement de restes alternés de glucosamines N-sulfatées et d'acides uroniques, avec l’alternance de l'acide glucuronique et de l’acide L-iduronique, et un nombre élevé de radicaux sulfuryle. Biosynthétisé par les mastocytes dans lesquels il se trouve, ainsi que dans les polynucléaires basophiles, sous forme macromoléculaire, ce glycane est hydrosoluble et très acide. Son activité biologique est neutralisée par les protéines basiques telles que les protamines. L'héparine est capable de mobiliser des enzymes attachés aux parois vasculaires, tels que la lipoprotéine lipase, la lipase hépatique et la phospholipase A1. L’héparine est utilisée comme anticoagulant pour son activité potentialisatrice de l'antithrombine due à une séquence très spécifique de cinq dérivés (séquence pentasaccharidique).
Les préparations commerciales utilisées en thérapeutique, sont extraites soit des poumons de Bœuf (Amérique du Nord), soit de la muqueuse intestinale du Porc (Asie). De cet extrait hétérogène, on sépare des glycosaminoglycanes (mucopolysaccharides) de masse moléculaire comprise entre 3 000 et 50 000 Da, formées de longues chaînes polyosidiques diversement sulfatées, constituées par la répétition de séquences disaccharidiques. Différents radicaux anioniques fixés sur ces hexoses font de l'héparine un acide fort, chargé négativement, donc capable de se lier facilement aux cations Ca2+, K+, Na+, Mg2+ et aux molécules biochimiques (albumine, fibrine, etc.) ou médicinales cationiques.
Les méthodes d'extraction, de solubilisation et de purification de l'héparine commerciale permettent de séparer les héparines de basse masse moléculaire (HBPM, moyenne 8 000 Da) de celles à haute masse moléculaire (héparine standard non fractionnée, moyenne 20 000 Da). Les HBPM, dont la pharmacocinétique est beaucoup plus favorable (biodisponibilité, durée de vie) et qui ont moins d'effets secondaires (thrombopénie), sont préférées en thérapeutique tant pour la prévention que pour les traitements des affections ou maladies thrombotiques, en particulier veineuses.
L'activité anticoagulante de l'héparine dépend essentiellement :
- du degré de polymérisation (un niveau minimal est nécessaire),
- du degré de sulfatation de chaque chaîne et de la localisation des groupements N-sulfates,
- de l'affinité des chaînes polyolosiques à se fixer sur l'antithrombine-III ce qui requiert une structure pentasaccharidique minimale.
L’héparine non fractionnée combine une activité anti-IIa et une activité anti-Xa équivalentes. Elle est injectée par voie veineuse. Sa présentation forme d’héparinate de calcium est utilisée en sous-cutanée.
Les HBPM ont une activité anti-Xa prédominante sur l’activité anti-IIa dans un rapport variable de deux à quatre en fonction des molécules. Elles sont injectées par voie sous-cutanée.
L’héparine est indiquée dans le traitement curatif des thromboses veineuses profondes, des embolies pulmonaires, des infarctus du myocarde, des angors instables et des embolies artérielles extra-cérébrales ; dans le traitement préventif des accidents thromboemboliques veineux et/ou artériels en milieu chirurgical y compris en chirurgie vasculaire artérielle, en cas d’affection médicale aigüe, en cas de cardiopathie emboligène, et dans l’anticoagulation des circuits de circulation extracorporelle et d’épuration extra-rénale.
Sa forme utilisable par voie veineuse est également indiquée en traitement curatif de certains cas de coagulopathie.
L’héparine n’exerce par elle-même aucune action fibrinolytique.
Etant donné sa charge électrique et l'importance de sa masse moléculaire, l'héparine ne traverse ni les séreuses (plèvre, péritoine, méninges), ni la barrière placentaire. De même, elle ne passe pas dans le lait maternel et ne peut pas être absorbée par le tube digestif.
L'héparine est neutralisée par la protamine (polypeptide extrait de la laitance de certains poissons)
Le traitement par HBPM peut être surveillé par l’activité anti-Xa (mesure du pic d’activité de trois à quatre heures après l’injection sous-cutanée).
J. McLean, étudiant en médecine américain, découvrit l’héparine en 1916
Étym. gr. hêpar : foie (parce qu’on a d’abord extrait l’héparine du foie)
→ anticoagulant (médicament), antithrombine III
[F4]
Édit. 2015